| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,421,579 | Δ1 bp | 5.7% | coding (390/540 nt) | moaB‑I → | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,421,579 | 0 | C | . | 5.7% | 278.2 / 10.0 | 88 | coding (390/540 nt) | moaB‑I | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/43); new base . (3/2); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
GGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAGCCGTGGC > NC_002947/2421431‑2421726 | ggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAAc < 4:300874/149‑1 (MQ=255)ggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAAc > 6:315643/1‑149 (MQ=255) aCTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCG‑TTGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCAc < 5:188181/148‑1 (MQ=255) tGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGc > 2:273811/1‑149 (MQ=255) gTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTg > 7:376628/1‑149 (MQ=255) aCAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgc > 4:386663/1‑149 (MQ=255) cAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgct > 5:93657/1‑149 (MQ=255) aGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCGTGCTGGAGAAGCAAGTAGACGGCTTTGGGGCGCTGTGCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCCTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgctg < 3:126116/149‑1 (MQ=255) aGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGGC‑TTGGCCGGGCGGGGCCACCGCACGCCGgtgttgtg > 2:204767/1‑145 (MQ=255) gCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGGCCGCTGGTGtgctgc > 1:195126/1‑149 (MQ=255) ccccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGctgcctgc > 8:210858/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGctgcctgc > 1:49138/1‑147 (MQ=255) ccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCa < 8:177766/149‑1 (MQ=255) gtggCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAgg < 6:93657/147‑1 (MQ=255) ggTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGAGGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTcca < 5:75915/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCTGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTcca < 8:376478/149‑1 (MQ=255) gTGGCCGGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGGGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTccac < 2:53036/149‑1 (MQ=255) tGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTccacc < 3:309033/149‑1 (MQ=255) cctgcctgCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AAc > 7:6575/1‑149 (MQ=255) ctgcctgcTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACg > 7:337827/1‑149 (MQ=255) ctgcctgcTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACg > 1:177653/1‑149 (MQ=255) gctgGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGGGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGc < 1:220001/149‑1 (MQ=255) ctgGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCtgtg < 6:357425/147‑1 (MQ=255) 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tgccgttGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgc < 3:422232/138‑1 (MQ=255) tgccgttGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgc > 4:422232/6‑143 (MQ=255) gccgttGGCCAGCCCGGCCAAGGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgcaggcag > 1:149421/5‑149 (MQ=255) cc‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGc < 8:240742/148‑1 (MQ=255) cc‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCg > 1:282811/1‑149 (MQ=255) cgttGGCCAGCCCGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCg > 8:237891/3‑149 (MQ=255) c‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCgg < 1:273811/149‑1 (MQ=255) gCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtg < 2:261503/149‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtgt < 2:316244/149‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtgt < 1:204767/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGccgggcct < 6:363824/149‑7 (MQ=255) cTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAg < 5:416974/149‑1 (MQ=255) ccAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAGCCGt > 2:89317/1‑149 (MQ=255) cAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAGCCGTg > 1:397340/1‑149 (MQ=255) aCGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGGTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAGCCGTGGc < 7:237891/149‑1 (MQ=255) | GGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAGCCGTGGC > NC_002947/2421431‑2421726 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |