New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3337434 | 46 (0.640) | 4 (0.060) | 4/256 | NT | 8.3% | coding (638/1047 nt) | PP_2934 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3337470 | 44 (0.640) | coding (674/1047 nt) | PP_2934 | hypothetical protein |
CGCACGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCGGACTA > NC_002947/3337324‑3337617 | cgcACGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATgg > 3:99176‑M2/1‑147 (MQ=255) gcACGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCCCGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggc < 4:404508‑M2/149‑4 (MQ=255) gcACGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggc > 7:93618‑M2/1‑146 (MQ=255) aCGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcgc < 3:146600‑M2/149‑6 (MQ=255) cccGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCt < 6:25817/149‑1 (MQ=255) cGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcg > 1:204103‑M2/1‑138 (MQ=255) cGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcg < 2:204103‑M2/142‑5 (MQ=255) gAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggc > 6:254‑M2/1‑131 (MQ=255) gAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggc < 5:254‑M2/134‑4 (MQ=255) gAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCtgtt < 7:174534/149‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTg > 6:150858/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGc < 3:250095/149‑1 (MQ=255) tGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCggg < 4:11526/134‑1 (MQ=255) tGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCggg > 3:11526/1‑134 (MQ=255) gAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGcc < 2:276177/147‑1 (MQ=255) gAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCgg > 2:254187/1‑149 (MQ=255) aggCGTCTGCGTCATGCGGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCgg > 3:306815/3‑149 (MQ=255) gTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTg > 1:430819/1‑149 (MQ=255) cGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAg < 4:305293/149‑1 (MQ=255) gCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAgg > 4:177752/1‑149 (MQ=255) cGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCg > 7:172085/1‑149 (MQ=255) aGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAg < 7:396191/139‑1 (MQ=255) aGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAg > 8:396191/1‑139 (MQ=255) aGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCAc < 7:291420/149‑1 (MQ=255) aCGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACt > 1:307806/1‑148 (MQ=255) gCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCAGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACACGCACTGAt > 2:274627/1‑149 (MQ=255) cAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCTCACTGATCTa > 1:311150/1‑147 (MQ=255) cAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTa > 2:109829/1‑147 (MQ=255) cccACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGc > 4:153212/1‑149 (MQ=255) cGGCATACTGATTGACGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACAGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGAGCCATGCGCTGGCCGGGTTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGa > 3:404614/1‑147 (MQ=255) aTACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGa > 4:188185/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAg < 1:274627/147‑1 (MQ=255) ttGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCt < 3:12488/148‑1 (MQ=255) tGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTtg > 5:341227/1‑149 (MQ=255) cGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTgg < 3:177752/149‑1 (MQ=255) cGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTgg > 5:124503/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCg < 7:208187/149‑1 (MQ=255) cGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCg > 1:78290/1‑148 (MQ=255) aGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGa < 1:254187/149‑1 (MQ=255) gCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGAc < 2:212075/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcgccagttcgctgcggtcggcaatcagtatgccgtgggtcttgcaggcgtctgcgtcatgcggacgctccaggcagtactgacgcagacgctccaggtcgggg < 2:435191‑M2/149‑106 (MQ=255) cTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTaa < 6:341227/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcgccagttcgctgcggtcggcaatcagtatgccgtgggtcttgcaggcgtctgcgtcatgcggacgctccaggcagtactgacgcagacgctccaggtcggggc < 5:73190‑M2/149‑107 (MQ=255) gcCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCGGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCg > 8:389274/1‑149 (MQ=255) gaccgaccCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGccc > 8:212514/1‑149 (MQ=255) ccgaccCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATggcgccagttcgctgcggtcggcaatcagtatgccgtgggtcttgcaggcgtctgcgtcatgcggacgctccaggcagtactgacgcagacgctccaggtcggggcgtgcgccaga < 1:392870‑M2/147‑117 (MQ=255) gaccCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGt > 7:244075/1‑80 (MQ=255) gaccCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGt < 8:244075/80‑1 (MQ=255) gaccCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGc > 8:387036/1‑149 (MQ=255) accCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGcc > 5:146801/1‑149 (MQ=255) cccGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGccc < 6:361521/149‑1 (MQ=255) gAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCaaa < 5:150858/149‑1 (MQ=255) gTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTTCCCGCACTGATCTACAGTGGCGACGGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACt < 2:311150/149‑1 (MQ=255) gTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACt > 4:427790/1‑149 (MQ=255) cGGTCATGTTGATggcgccagttcgctgcggtcggcaatcagtatgccgtgggtcttgcaggcgtctgcgtcatgcggacgctccaggcagtactgacgcagacgctccaggtcggggcgtgcgccagacaggatcaacgcggtttctc > 2:392870‑M2/1‑13 (MQ=255) aTGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACAcc > 1:227288/1‑149 (MQ=255) tGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCg < 4:146600/149‑1 (MQ=255) tGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCGGAc > 5:184681/1‑149 (MQ=255) gATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCGGAc > 1:218307/1‑148 (MQ=255) aTGGCGCCGCTGAGCCTGGTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCGGACTa < 6:146801/149‑1 (MQ=255) | CGCACGCCCCGACCTGGAGCGTCTGCGTCAGTACTGCCTGGAGCGTCCGCATGACGCAGACGCCTGCAAGACCCACGGCATACTGATTGCCGACCGCAGCGAACTGGCGCCCGAGACCGACCCGCGAGTGGGGGCGGTCATGTTGATGGCGCCGCTGAGCCTGTTGTTCGGGCGCCATGCGCTGGCCGGGGTGCAGGTACCCGCACTGATCTACAGTGGCGACAGCGATCAGCTTGTGGCCGTAGACCGTAATGCCGAGGCCCTGGCCCGCAAACTGCCGGTCACACCGGACTA > NC_002947/3337324‑3337617 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |