| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 351,750 | A→G | 6.2% | Q79R (CAG→CGG) ‡ | hisA → | phosphoribosylformimino‑5‑aminoimidazole carboxamide ribonucleotide isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 351,750 | 0 | A | G | 6.2% | 283.3 / 6.6 | 96 | Q79R (CAG→CGG) ‡ | hisA | phosphoribosylformimino‑5‑aminoimidazole carboxamide ribonucleotide isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/46); new base G (3/3); total (47/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
GACCCGGTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCATCGTCGGC > NC_002947/351605‑351898 | gacCCGGTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTGCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGACCCTG‑CCGCTACAgct > 2:426519/1‑147 (MQ=255) ggTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggcg > 7:129869/1‑149 (MQ=255) gTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCTGGATcggcag < 3:427265/149‑3 (MQ=255) gTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggcgg < 1:13972/149‑1 (MQ=255) tGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggcggc < 6:283799/149‑1 (MQ=255) aGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggcggcg < 5:303761/148‑1 (MQ=255) cATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTa > 7:46739/1‑149 (MQ=255) aTGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCTGGATcggcag > 6:201694/1‑141 (MQ=255) aTGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCTGGATcggcag < 5:201694/143‑3 (MQ=255) aTGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTAt > 1:21259/1‑149 (MQ=255) tGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATc > 2:284249/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATcc > 5:15813/1‑149 (MQ=255) gccgccAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGCTCCAGATcggcgg > 3:280799/1‑140 (MQ=255) gccgccAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATcc < 5:138620/148‑1 (MQ=255) gccgccAAGTGGGGCGAGGGGGTCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggcgg < 4:280799/140‑1 (MQ=255) ccgccAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGt > 6:165358/1‑149 (MQ=255) ccgccAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCAGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGCCCAGCCGGTCAATGGTGAAGAGGTAACCGCCAACGCCAACCGCAACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATAGGCGGCGCTATCCg > 1:355834/1‑148 (MQ=255) cAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGc < 1:8861/149‑1 (MQ=255) cAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGACGGTCAATCGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGCTCGGCGGCGGTATCCGTTCGc > 6:129399/1‑149 (MQ=255) cAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCATGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCATTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGc > 8:270057/1‑149 (MQ=255) aaGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCTCCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCt < 5:419574/149‑1 (MQ=255) aGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTg < 8:164320/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTGCCCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGaaa < 1:284249/149‑1 (MQ=255) 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tGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGCTCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAacacaa > 8:277805/1‑147 (MQ=255) ccgccgccTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACg < 2:21259/149‑1 (MQ=255) ccgccgccTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGATGGTTTCCAGCGAacggat < 1:325721/147‑5 (MQ=255) ccgccTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTc > 4:219241/1‑148 (MQ=255) ccTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAgg < 3:95916/149‑1 (MQ=255) tGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATcggc > 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aTCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTg < 7:152274/149‑1 (MQ=255) gCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCa > 3:262080/1‑148 (MQ=255) ccAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCaaa < 8:129869/149‑1 (MQ=255) cAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGCTCGGCGTCTGTATCCGTTCTCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGTCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAg < 5:129399/149‑1 (MQ=255) aaGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGc < 4:126707/149‑1 (MQ=255) tACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTccc > 2:31010/1‑149 (MQ=255) cgccg‑CCGATCTGGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAg > 1:411673/5‑149 (MQ=255) cgccg‑CCGATCTGGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAg < 2:411673/145‑1 (MQ=255) cccTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAg < 7:105918/148‑1 (MQ=255) ccTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGTACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAgg > 8:247962/1‑149 (MQ=255) ccg‑CCGATCTGGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGt > 6:125552/3‑149 (MQ=255) cTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGt > 5:412910/1‑149 (MQ=255) g‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCa > 8:78942/1‑149 (MQ=255) ccGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCAt < 5:439102/149‑1 (MQ=255) gATCCAGATCGGCGGCGTTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCCAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCAtcg < 5:105499/149‑1 (MQ=255) gATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCAtcg > 4:70072/1‑149 (MQ=255) gATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCAtcg < 5:420534/149‑1 (MQ=255) cAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCAtcgtcg < 5:195/148‑1 (MQ=255) aGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCATCGTCGGc > 8:171070/1‑149 (MQ=255) aGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCATCGTCGGc > 4:210036/1‑149 (MQ=255) | GACCCGGTGAGCATGGCCGCCAAGTGGGTCGAGGGTGGCTGCCGCCGCCTGCACCTGGTCGACCTCAACGGCGCCTTCGAAGGCCAGCCGGTCAATGGTGAAGTGGTTACCGCCATCGCCAAGCGCTACCCGAACCTG‑CCGATCCAGATCGGCGGCGGTATCCGTTCGCTGGAAACCATCGAACACTACGTCAAGGCTGGCGTCAGCTACGTGATCATCGGCACCAAGGCCGTCAAGCAGCCCGAGTTCGTCGCTGAAGCGTGCAAAGCCTTCCCGGGCAAGGTCATCGTCGGC > NC_002947/351605‑351898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |