| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,137,670 | C→T | 9.4% | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522 ← / → PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,137,670 | 0 | C | T | 9.4% | 204.4 / 8.4 | 74 | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522/PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/41); new base T (3/4); total (29/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-02 | |||||||||||
GGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACCGA > NC_002947/5137523‑5137810 | gggCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTcc > 1:133586/1‑149 (MQ=255) ggCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTcc < 1:121569/148‑1 (MQ=255) ggCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCt < 8:363012/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCt < 2:140067/149‑1 (MQ=255) ggCGTGTGCAACGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGTAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTc < 8:296914/147‑1 (MQ=255) gTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGaa < 7:374327/149‑1 (MQ=255) ttGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAAc > 3:409135/1‑149 (MQ=255) ggCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGGAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACt < 5:321040/148‑1 (MQ=255) gCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTaa < 8:166112/149‑1 (MQ=255) 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< 3:416735/149‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGa > 5:340660/1‑148 (MQ=255) gCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGaaa < 8:272177/149‑1 (MQ=255) aGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGt < 7:312791/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTcc < 3:219581/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTccc > 5:64773/1‑149 (MQ=255) 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aTGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgcc < 5:403802/149‑1 (MQ=255) tGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgccg < 6:340660/149‑1 (MQ=255) cAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCaaa > 2:90471/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAAc < 2:205095/149‑1 (MQ=255) aCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAAc > 4:308729/1‑148 (MQ=255) ggTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACca > 1:416497/1‑148 (MQ=255) cacaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGt < 3:4791/148‑1 (MQ=255) acaAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGAAANGCGGGATTAGAAACCGGCGCACGCTTGATCAGACTTGGCCGAAATTTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACg > 1:141041/1‑149 (MQ=255) tgtgCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgcgcg < 6:64773/148‑1 (MQ=255) gcgcAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGcggcgg < 1:431457/149‑1 (MQ=255) aGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGca > 1:185676/1‑147 (MQ=255) tCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAgg < 8:160944/149‑1 (MQ=255) tAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGtt > 3:53912/1‑149 (MQ=255) aCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGtt < 4:409135/147‑1 (MQ=255) cTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGa < 4:53912/149‑1 (MQ=255) tGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa > 2:76735/1‑149 (MQ=255) gCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa > 7:160286/1‑148 (MQ=255) tctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgcg < 8:244306/126‑1 (MQ=255) tctACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgcg > 7:244306/1‑126 (MQ=255) aCCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCGCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaaca > 1:226604/1‑149 (MQ=255) aCCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaaca > 2:307725/1‑149 (MQ=255) aCCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaaca > 4:217836/1‑149 (MQ=255) cccGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa < 3:308729/146‑1 (MQ=255) cccGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa < 2:185676/146‑1 (MQ=255) ccGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAacac > 1:237054/1‑148 (MQ=255) ccGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAAcaca > 4:208356/1‑149 (MQ=255) aaatacttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAacac > 7:317437/7‑148 (MQ=255) cttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAAt > 5:92591/2‑149 (MQ=255) ttAGTTCAGGAATTTCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc > 5:204624/1‑149 (MQ=255) tAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAAt < 1:90471/147‑1 (MQ=255) tAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc < 7:106319/148‑1 (MQ=255) 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aGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgaccga < 2:141041/148‑1 (MQ=255) | GGGCGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGTCTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGAAATTCCTGAACTAAGTATTTGTCGGTA‑GC‑‑GATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACCGA > NC_002947/5137523‑5137810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |