| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,271,001 | T→G | 5.2% | intergenic (+67/+57) | mscL → / ← fpr‑II | large‑conductance mechanosensitive channel/ferredoxin‑‑NADP(+) reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,271,001 | 0 | T | G | 5.2% | 284.9 / 4.0 | 90 | intergenic (+67/+57) | mscL/fpr‑II | large‑conductance mechanosensitive channel/ferredoxin‑‑NADP(+) reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/45); new base G (2/3); total (42/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTGCCTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTTCGT > NC_002947/5270855‑5271146 | gtgtgCCTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGTCCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTc < 2:349361/148‑1 (MQ=255) gtgCCTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGc > 6:65149/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCg < 3:57119/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCg < 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gctgctGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACcg < 7:352318/149‑1 (MQ=255) ctgACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACcgcg < 1:159715/147‑1 (MQ=255) aCCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTAc < 2:278655/149‑1 (MQ=255) cGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAg > 8:363214/1‑149 (MQ=255) aTCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGccc < 7:363214/149‑1 (MQ=255) 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aaGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAAt > 6:436937/1‑149 (MQ=255) aaGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAAt > 4:103517/1‑149 (MQ=255) aCGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGt < 3:103517/149‑1 (MQ=255) cGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAACTTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCGGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCGTCGCCGGTGTTCGCGTGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTc < 6:334280/149‑1 (MQ=255) cGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTc < 8:53576/149‑1 (MQ=255) cGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTc < 3:163308/149‑1 (MQ=255) cGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTc > 3:252617/1‑149 (MQ=255) gCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCt > 6:314503/1‑149 (MQ=255) cAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCt > 5:301247/1‑148 (MQ=255) aGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTa < 5:65149/149‑1 (MQ=255) aGAACCAGAATCGCTTGCCATGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTa > 2:326028/1‑149 (MQ=255) gAACCAGAATCGCTGGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTAc < 4:280648/149‑1 (MQ=255) aaCCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTAc > 6:433891/1‑148 (MQ=255) aCCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCa < 2:352405/149‑1 (MQ=255) aGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCagta < 5:54192/149‑1 (MQ=255) 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< 5:436937/148‑1 (MQ=255) ttGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTAc > 2:367009/1‑125 (MQ=255) ttGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTAc < 1:367009/125‑1 (MQ=255) ttGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGc > 4:130554/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGcc > 3:278801/1‑149 (MQ=255) gCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGcc < 5:271678/148‑1 (MQ=255) 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ccgcgaacACCGGCGAAGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCCCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGAGCCTGGAGGCCCtt > 8:213934/8‑149 (MQ=255) gaacACCGGCGAAGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGGCTTACCAGTAGTTCTCGCCAGCCACCTGCCCGGGGCGCGTGCTCAGGCTGAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGCGGTCCTTgggg > 1:341871/4‑149 (MQ=255) ggCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCggg > 3:200645/1‑149 (MQ=255) ggCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCggg > 3:193910/1‑149 (MQ=255) ggCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCggg > 1:356073/1‑149 (MQ=255) cACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGtt < 6:432323/117‑1 (MQ=255) cACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGtt > 5:432323/1‑117 (MQ=255) aCCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTACCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGttt > 8:123008/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTtc > 5:355130/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTtc > 8:82027/1‑149 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTtcgt < 7:82027/149‑1 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTtcgt < 2:326638/149‑1 (MQ=255) ttCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTtct > 6:242719/1‑71 (MQ=255) ttCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTtct < 5:242719/71‑1 (MQ=255) | CTGTGCCTTCGGCAGAAGAGACGCTGCTGACCGAAATCCGCGATTTGCTCAAGACGCAGAACCAGAATCGCTTGCCTTGAAATTGCCGGGGGCGCTGTAGGGGCGGGCCTGCTGGCGAAGAGTCCAGTGCGGTGGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCGCGCCTACAGGCCCCACAACGG‑CCGCAATGGTCTTACCAGTAGTTCTCGACAGCCACCTGCCCGGGCCGCTTGCTCAGGCTCAGTTGCAAGTCTCGCGCCTTGAGGACCTTGCGGGTTTCGT > NC_002947/5270855‑5271146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |