| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,300,136 | G→T | 9.4% | P1213T (CCG→ACG) | recB ← | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,300,136 | 0 | G | T | 9.4% | 260.9 / 12.5 | 85 | P1213T (CCG→ACG) | recB | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/39); new base T (3/5); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
CCCAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCG > NC_002947/5299990‑5300282 | cccAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcg > 6:13678/1‑149 (MQ=255) ccAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc > 1:220607/1‑149 (MQ=255) ccAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc > 2:323110/1‑149 (MQ=255) ccAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc > 2:420154/1‑149 (MQ=255) ccAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTAATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc < 8:32464/149‑1 (MQ=255) aCGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTg < 6:144784/149‑1 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc < 2:199629/149‑1 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc > 6:11343/1‑149 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc > 7:37410/1‑149 (MQ=255) gAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGcc < 3:324836/149‑1 (MQ=255) gAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGc < 5:13678/148‑1 (MQ=255) gcacttGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGGCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCAc < 8:347102/145‑1 (MQ=255) cagcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAg < 2:38160/149‑1 (MQ=255) cagcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAg > 6:96977/1‑149 (MQ=255) gcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgca < 2:29641/149‑2 (MQ=255) cagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAgcg > 4:165563/1‑148 (MQ=255) gcgcTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAgg < 8:339832/149‑1 (MQ=255) cgcTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGc < 7:83353/149‑1 (MQ=255) cTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCtt < 2:220607/149‑1 (MQ=255) ttgtGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATTGAGGCttt < 1:323110/147‑1 (MQ=255) ttgtGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTc < 1:44894/148‑1 (MQ=255) tgctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGAt > 7:151719/1‑148 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg > 6:265948/1‑149 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg > 7:34108/1‑149 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg < 8:151719/149‑1 (MQ=255) gcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCt > 1:310988/1‑149 (MQ=255) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgc > 2:50424/1‑113 (MQ=37) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgc < 1:50424/113‑1 (MQ=37) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGCGGCTTTCGAt > 3:17212/1‑130 (MQ=255) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg < 3:165563/149‑1 (MQ=255) gcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTgg < 7:26371/149‑1 (MQ=255) ggTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc > 3:114244/1‑90 (MQ=255) ggTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGgcgc < 4:114244/90‑1 (MQ=255) gTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTg > 1:182773/1‑149 (MQ=255) gTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTg < 5:96977/149‑1 (MQ=255) 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aCGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGc < 7:296884/149‑1 (MQ=255) aCGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGc > 3:345674/1‑149 (MQ=255) ggTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg > 6:88427/1‑126 (MQ=255) ggTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg < 5:88427/126‑1 (MQ=255) gggCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCgctgct > 5:122503/1‑149 (MQ=255) ggCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCgctgctg < 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gcgctgTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCg > 8:291676/3‑141 (MQ=38) tgctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATaa < 5:313370/147‑1 (MQ=255) tgctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATaa > 6:313370/1‑147 (MQ=255) gctgTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCgccgcc < 3:95679/130‑1 (MQ=38) gctgTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCgccgcc > 4:95679/1‑130 (MQ=38) gctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAg < 5:390470/121‑1 (MQ=255) gctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAg > 6:390470/1‑121 (MQ=255) gctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCg > 3:333484/1‑149 (MQ=255) ctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCg < 2:182773/148‑1 (MQ=255) ctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCg < 8:34108/148‑1 (MQ=255) ccGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTcc > 6:28219/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCGTGCTCACCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTcc > 2:112725/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGTACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 7:119710/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 8:31155/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 2:308471/1‑149 (MQ=255) | CCCAACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCG > NC_002947/5299990‑5300282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |