| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,300,141 | T→A | 9.4% | H1211L (CAC→CTC) | recB ← | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,300,141 | 0 | T | A | 9.4% | 234.5 / 12.8 | 85 | H1211L (CAC→CTC) | recB | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/38); new base A (3/5); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
ACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCGCCAGCCG > NC_002947/5299994‑5300289 | aCGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTg < 6:144784/149‑1 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc < 2:199629/149‑1 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc > 6:11343/1‑149 (MQ=255) gTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTc > 7:37410/1‑149 (MQ=255) gAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGcc < 3:324836/149‑1 (MQ=255) gAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGc < 5:13678/148‑1 (MQ=255) gcacttGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGGCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCAc < 8:347102/145‑1 (MQ=255) cagcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAg < 2:38160/149‑1 (MQ=255) cagcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAg > 6:96977/1‑149 (MQ=255) gcagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgca < 2:29641/149‑2 (MQ=255) cagGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAgcg > 4:165563/1‑148 (MQ=255) gcgcTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAgg < 8:339832/149‑1 (MQ=255) cgcTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGc < 7:83353/149‑1 (MQ=255) cTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCtt < 2:220607/149‑1 (MQ=255) ttgtGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATTGAGGCttt < 1:323110/147‑1 (MQ=255) ttgtGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTc < 1:44894/148‑1 (MQ=255) tgctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGAt > 7:151719/1‑148 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg > 7:34108/1‑149 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg < 8:151719/149‑1 (MQ=255) ctgcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAg > 6:265948/1‑149 (MQ=255) gcGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCt > 1:310988/1‑149 (MQ=255) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgc < 1:50424/113‑1 (MQ=37) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTTCCGTGGCGAGCACGCGCCGGTACAgc > 2:50424/1‑113 (MQ=37) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGCGGCTTTCGAt > 3:17212/1‑130 (MQ=255) agcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg < 3:165563/149‑1 (MQ=255) gcagGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTgg < 7:26371/149‑1 (MQ=255) gTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTg < 5:96977/149‑1 (MQ=255) gTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTg > 1:182773/1‑149 (MQ=255) gCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGt < 3:5116/149‑1 (MQ=255) tGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTacac > 2:121746/1‑149 (MQ=255) gCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGt < 4:73904/84‑1 (MQ=255) gCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGt > 3:73904/1‑84 (MQ=255) gCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGTACCACGccaa < 8:388556/149‑3 (MQ=255) cAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGTACCACGccaa < 3:277366/148‑3 (MQ=255) aCGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGc > 3:345674/1‑149 (MQ=255) aCGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGc < 7:296884/149‑1 (MQ=255) ggTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg < 5:88427/126‑1 (MQ=255) ggTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTg > 6:88427/1‑126 (MQ=255) gggCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCgctgct > 5:122503/1‑149 (MQ=255) ggCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCgctgctg < 5:265948/149‑1 (MQ=255) gCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCgctgctgc > 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aaGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAg > 4:197810/1‑149 (MQ=255) gCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGaa > 8:384558/1‑149 (MQ=255) ttCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAgg > 1:226302/1‑145 (MQ=255) cGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGa < 2:298292/147‑1 (MQ=255) cGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGAt < 1:420154/148‑1 (MQ=255) 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ctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCg < 2:182773/148‑1 (MQ=255) ctgTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCg < 8:34108/148‑1 (MQ=255) ccGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTcc > 6:28219/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCGTGCTCACCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTcc > 2:112725/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGTACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 7:119710/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 2:308471/1‑149 (MQ=255) cGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCg > 8:31155/1‑149 (MQ=255) gcgTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCGCCAg > 5:405330/1‑149 (MQ=255) gTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCGCCAGcc > 6:201516/1‑149 (MQ=255) tGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCGCCAGCcg > 8:283071/1‑149 (MQ=255) | ACGGTCGAGTAATTGCAGCAGGTCAGCGCTGTTGTGCTGCGGTGCCAGCGCCAGCAGGTGCTCTGCGTGCAACGGGGTGGGCAACAGGTCGACAAGGCTTCGGCTCATGGCGCAACTCCGGCAAACAGGTCC‑TGCTGTACCGGCGCGTGCTCGCCACGGAACAGCGCATCGAGGCTTTCGATCAGCTCACGCGGTGGCTTGGCGTGGTACACGCCGTGGCCGCTGCTGCTGGCACCGCGCAGGAAGATGAACAGGGCGCCGCCAACATGGCGGTCATAATCGTAGTCCGCCAGCCG > NC_002947/5299994‑5300289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |