| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,372,002 | G→C | 5.3% | intergenic (‑66/+31) | carB ← / ← carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,372,002 | 0 | G | C | 5.3% | 303.6 / 4.2 | 92 | intergenic (‑66/+31) | carB/carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/48); new base C (3/2); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTC > NC_002947/5371856‑5372149 | gCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGCGCCCGGCAgcg > 3:338487/1‑147 (MQ=255)gCAGGCCTGGCAGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGCGCCCGGCAgc < 5:305255/148‑2 (MQ=255) cAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGCGCCCGGCAgcgc < 4:338487/149‑4 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCg > 2:5992/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCg > 8:266043/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCg > 2:86822/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGGGGTCACTCACATCCGGGCTCAGTCGGCAAGCCGCTGTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCg < 5:300760/149‑1 (MQ=255) tggcccGATCGTGATC‑GGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gcc > 3:204619/5‑149 (MQ=255) ccGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCgcgccctg < 6:82473/149‑8 (MQ=255) gATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCg‑ggg > 6:27358/1‑149 (MQ=255) gATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCg‑ggg < 7:307334/149‑1 (MQ=255) gATCACGATCGGGCCAGCGCAGAGAATCAGGATGATTTTGATGTCTTTACGTTTTGGCATGGTGGTCAATCAAATCCGGGGTCAGTCGTCAAGACTATTTGAACAATGTGGGTCATGAGATGCAGGGAGAGGCAGGAGCAG‑GGGCg‑ggg > 6:256549/1‑149 (MQ=255) tCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGcc < 4:190880/149‑1 (MQ=255) cGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTg < 6:230499/149‑1 (MQ=255) cGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTg < 1:386745/149‑1 (MQ=255) cGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCAGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTg < 2:316290/149‑1 (MQ=255) gATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTg > 6:267589/1‑148 (MQ=255) gATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGa < 7:266043/149‑1 (MQ=255) aTCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTg > 8:399424/1‑147 (MQ=255) aTCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGaa < 2:253838/149‑1 (MQ=255) aTCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGaa < 8:181010/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAg > 8:28675/1‑148 (MQ=255) ccGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCt > 2:63342/1‑147 (MQ=255) cGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAg < 8:313937/149‑1 (MQ=255) agaATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAgcg < 1:258782/149‑1 (MQ=255) aTCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGCGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAgcgg < 1:5992/148‑1 (MQ=255) tCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGgcgc > 8:172247/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCACG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGgcgc > 3:317993/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGGCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGGCAGGCGCTGCCGCGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGgcgc < 6:329713/149‑1 (MQ=255) ggATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTg < 8:343709/149‑1 (MQ=255) ggATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTg > 5:318133/1‑149 (MQ=255) ggATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGACGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTg < 1:380286/149‑1 (MQ=255) ggATGCTATTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTg > 6:322483/1‑149 (MQ=255) gATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTgg < 2:278091/149‑1 (MQ=255) gATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTgg < 5:80979/149‑1 (MQ=255) gCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGTCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCa > 1:336551/1‑149 (MQ=255) cTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCAt < 5:256549/149‑1 (MQ=255) ttttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATg > 8:371171/1‑149 (MQ=255) tttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCa > 8:116611/1‑132 (MQ=255) tttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCa < 7:116611/132‑1 (MQ=255) ttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATg < 7:172247/147‑1 (MQ=255) tCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAg < 8:122255/114‑1 (MQ=255) tCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAg > 7:122255/1‑114 (MQ=255) tACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGaaa < 7:30875/149‑1 (MQ=255) cGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACg < 7:399424/149‑1 (MQ=255) ttGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATc < 5:27358/148‑1 (MQ=255) aTGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACag < 6:318133/149‑1 (MQ=255) tCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGcgcg < 5:157375/149‑1 (MQ=255) cACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGa > 8:309836/1‑149 (MQ=255) aCTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAgcggc > 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cGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGtcggtcgg < 4:204619/149‑1 (MQ=255) gggTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACagag < 2:150724/131‑1 (MQ=255) gggTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACagag > 1:150724/1‑131 (MQ=255) gTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGccc > 2:126171/1‑149 (MQ=255) aGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCggg > 7:84242/1‑149 (MQ=255) 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aGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGTCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTc < 1:126171/149‑1 (MQ=255) gCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGa > 5:295559/1‑70 (MQ=255) gCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGa < 6:295559/70‑1 (MQ=255) ttGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTgg > 8:182370/1‑149 (MQ=255) ttGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTgg > 4:203714/1‑149 (MQ=255) tGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTgg < 1:63342/148‑1 (MQ=255) aaCAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGccc < 7:309836/149‑1 (MQ=255) aCAATCTGGTTCAGGGGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCAATGGCATCGTTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGccc < 2:368489/148‑1 (MQ=255) aCAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGccc < 1:86822/148‑1 (MQ=255) cAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTg > 1:277074/1‑149 (MQ=255) cAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTg < 1:299922/149‑1 (MQ=255) tCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTgg > 1:111586/1‑147 (MQ=255) cAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc < 6:379208/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAcg < 2:277074/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAc < 4:93113/148‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGGGGCGGCAGGTGCCG‑GCCTG‑TGGCCTTGAAGCAGGATTCTCAGGGGCGGTTGGCCATGGCATGTGTGTTACGATCTTACAGAGGCGCGTCGTGGGGCGGGCGCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAATCTGAAcgag < 4:317993/149‑3 (MQ=255) cgcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACgcgc < 7:28675/149‑1 (MQ=255) ccccGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGctct > 7:372996/3‑149 (MQ=255) ccGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTg > 6:88886/1‑149 (MQ=255) cGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGt > 1:379940/1‑149 (MQ=255) cgggccgGCACCTGCCGCGCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGt > 1:381211/6‑149 (MQ=255) ggCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCg < 2:336551/149‑1 (MQ=255) ggccgGCACCTGCCGCGCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTgg < 7:84621/119‑1 (MQ=255) ggccgGCACCTGCCGCGCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTgg > 8:84621/4‑122 (MQ=255) gcgGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAgg < 8:201252/115‑1 (MQ=255) gcgGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAgg > 7:201252/1‑115 (MQ=255) ggCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACg > 4:364448/1‑149 (MQ=255) gCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGc > 1:408664/1‑149 (MQ=255) aGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTc < 4:336647/149‑1 (MQ=255) | GCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCG‑GGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTACGCTC > NC_002947/5371856‑5372149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |