Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,696,568 | C→T | 7.0% | intergenic (+20/‑192) | pyrC' → / → hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,696,568 | 0 | C | T | 7.0% | 161.3 / 2.1 | 57 | intergenic (+20/‑192) | pyrC'/hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/37); new base T (2/2); total (18/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCAAGCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATA > NC_002947/5696420‑5696712 | ccGCAAGCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTCGCGAGAACAGCCCCTTCATCGGCCACTGCCTGCCGCGCGCGGTGCGTTATACCTAGGTCGATGGCCACATCTGCCACTAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCTGGCAc > 7:259680/1‑149 (MQ=255) gCAAGCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGc > 1:139593/1‑149 (MQ=255) gCAAGCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGc > 7:370073/1‑149 (MQ=255) gCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGc < 4:384200/149‑1 (MQ=255) gCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGc > 4:414777/1‑149 (MQ=255) cGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCt < 4:87016/149‑1 (MQ=255) gTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCATGCCCGCTc > 8:352167/1‑149 (MQ=255) gTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTc < 7:115576/149‑1 (MQ=255) tCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCGTGCCCGCtaa < 3:161841/149‑3 (MQ=255) tCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTcc < 7:196625/149‑1 (MQ=255) ccACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTcc > 5:132344/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 6:132344/149‑1 (MQ=255) cTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGACAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATc < 5:387432/148‑1 (MQ=255) cAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAAtt > 2:122311/1‑149 (MQ=255) cAATGGTTCTCACGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTCGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTTACcacatg > 3:109498/1‑146 (MQ=255) ttCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAgg > 5:31719/1‑149 (MQ=255) ctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGc < 1:122311/148‑1 (MQ=255) ctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCa > 7:189581/1‑149 (MQ=255) ccGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCAACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCACACACGATAACCACAAATACAAGGccagt > 7:349977/1‑145 (MQ=255) gCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTaa > 3:27386/1‑149 (MQ=255) cGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAAc > 1:37326/1‑149 (MQ=255) aCTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCtgt < 1:121302/149‑1 (MQ=255) aCTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCtgt < 7:137644/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCtgtg < 6:31719/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCtgtg < 3:414777/149‑1 (MQ=255) tGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑t < 7:88203/134‑1 (MQ=255) tGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑t > 8:88203/1‑134 (MQ=255) tGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAAACCTGTgg > 5:414812/1‑149 (MQ=255) tGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGCTGCGTTAAACATTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACAAAAAATCCAAGGCA‑TGTGGTAAACCtgtg > 2:335039/1‑148 (MQ=255) cccGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTgg < 4:99131/147‑1 (MQ=255) cccGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTgg < 7:211366/147‑1 (MQ=255) cccGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTgg > 4:129590/1‑147 (MQ=255) gTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTTACCAC‑ATGCCTTGGAATTGTGGTGATCCTGTGGGAGCg < 7:352167/149‑1 (MQ=21) ttCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCgg < 8:347611/149‑1 (MQ=255) ttCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCgg < 2:139593/149‑1 (MQ=255) aCTGGCTGCCGGGGGCGTTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTTCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCcgc < 8:349977/149‑1 (MQ=255) ctgccGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATg > 3:165737/1‑149 (MQ=255) ccGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGc < 2:281558/147‑1 (MQ=255) ccGGGCGCGGGCCGTAATCCCCTGGTCGCTGGCCACATGTGCCACGAGGCCGGAGTCCCATGCTTAGGGGGCTCGCCAGCTCCCACAGGATCCCCACATCTCCAAGGCC‑GGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCt < 6:153511/149‑1 (MQ=255) gggCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTc < 1:396861/149‑1 (MQ=255) gggCGCGGTGCGTTATACCTTGGGCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGATCACCACAATTCCCAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTc < 6:54342/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTca < 8:189581/149‑1 (MQ=255) tGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTc < 4:256070/149‑1 (MQ=255) cGTTATACCTTGGTCTCTGGCCACATCTGCCTCGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCTCCACAATTCCAACGAC‑TCGGGTAACCCTGGCGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTccc < 8:238621/149‑1 (MQ=255) gTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTcccc < 8:370073/149‑1 (MQ=255) ttgccTTCGCCGATGGCGACTTCTGCCACGTTGCCGGAGTTCCATCGGTAGCGGGCACGCCCGCTCGCCCATGATCTCCACATTTGCAAGGCC‑TGTGGTTTCCCTGGGGGTGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTcccccc < 8:259680/145‑1 (MQ=255) cTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGAA‑TGTGGTAACCCTGTGTGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCaa < 4:360238/149‑1 (MQ=255) cTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAt < 3:268697/71‑1 (MQ=255) cTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAt > 4:268697/1‑71 (MQ=255) ggTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑AGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAg < 8:398400/147‑1 (MQ=255) tCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGAA‑TGTGGTATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGcgcg < 1:335039/149‑1 (MQ=255) ccACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTc < 4:27386/149‑1 (MQ=255) gggcTGAGTACCATGCTTTGGGGGTTCGCCAGCTCCTTGTGGATCTCCACATTTCCAACGCA‑TGTTGTTTACCTTTGTGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGa < 2:37326/146‑1 (MQ=255) aGTTCCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCt < 3:81541/149‑1 (MQ=255) tACCATGCTTAGCGGGCACGCGCGCTCCCTCAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACTTAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTc < 1:108233/149‑1 (MQ=255) ccttGCTTAGCGGGCACGCAAGATCACTCAGGATCACCACAATTCCAAGGAT‑TGTGGTTAACCTTTGGTAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTcc < 6:414812/145‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCCCCACAATTCCAAGGCT‑GGTGGTAACCCTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccc < 4:375790/149‑1 (MQ=255) ggCACGCCCGCTCCCAGAGGATCTCCTCAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 3:230634/149‑1 (MQ=255) | CCGCAAGCGTCCACCGTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATA > NC_002947/5696420‑5696712 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |