| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,722,412 | G→C | 5.1% | A269A (GCC→GCG) | PP_5023 ← | amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,722,412 | 0 | G | C | 5.1% | 321.1 / 4.8 | 98 | A269A (GCC→GCG) | PP_5023 | amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/55); new base C (2/3); total (40/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTTGCGCAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCT > NC_002947/5722264‑5722560 | tttGCGCAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATg > 7:356136/1‑149 (MQ=255) tGCGCAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATg < 8:356136/147‑1 (MQ=255) gcgcAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGc < 8:29155/148‑1 (MQ=255) gcgcAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGc < 6:64022/148‑1 (MQ=255) cAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGAt > 4:294515/1‑148 (MQ=255) aaGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCa < 2:191835/149‑1 (MQ=255) aaGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCa > 3:243094/1‑149 (MQ=255) aGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCAc < 4:429533/149‑1 (MQ=255) ccTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCg < 3:176229/149‑1 (MQ=255) cTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGa < 3:91456/149‑1 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGacac < 6:170417/149‑1 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaac < 4:243094/148‑3 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaac < 2:280167/148‑3 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaa < 1:155318/147‑2 (MQ=255) 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ggCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGgtg > 2:240317/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGAACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGgtg < 1:387108/149‑1 (MQ=255) gCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCtt > 4:20204/1‑149 (MQ=255) gATGTGCGACAGCTGCAGGTTGATCAGCAGGAACATGCCTGCCACTCAGAACCAGATGTCGAAAGTAGAGATCTATGTGGGGATAGCCTCACTGCCACTCTTGGTCAGTTCTGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGTTGTCCTTGa < 8:26776/149‑1 (MQ=255) gATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGa < 3:105954/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |