| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,722,415 | G→C | 5.1% | I268M (ATC→ATG) | PP_5023 ← | amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,722,415 | 0 | G | C | 5.1% | 321.6 / 5.5 | 98 | I268M (ATC→ATG) | PP_5023 | amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/53); new base C (2/3); total (42/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
CAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCTGAC > NC_002947/5722270‑5722563 | cAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGAt > 4:294515/1‑148 (MQ=255) aaGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCa < 2:191835/149‑1 (MQ=255) aaGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCa > 3:243094/1‑149 (MQ=255) aGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCAc < 4:429533/149‑1 (MQ=255) ccTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCg < 3:176229/149‑1 (MQ=255) cTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGa < 3:91456/149‑1 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGacac < 6:170417/149‑1 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaac < 4:243094/148‑3 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaac < 2:280167/148‑3 (MQ=255) cGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATCGCCATCACCGaa < 1:155318/147‑2 (MQ=255) cGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGc < 7:94721/149‑1 (MQ=255) cGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGc < 2:350519/149‑1 (MQ=255) gAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGc > 4:172705/1‑148 (MQ=255) ccGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAgg < 6:41641/149‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAg < 4:297646/148‑1 (MQ=255) ggCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGgtg > 2:240317/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGAACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGgtg < 1:387108/149‑1 (MQ=255) gCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCtt > 4:20204/1‑149 (MQ=255) 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cGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGc > 6:325265/1‑149 (MQ=255) gACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGGGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGGGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGCCCAGGCt > 4:290804/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACt > 6:97129/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACt < 1:194117/149‑1 (MQ=255) gTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATCGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggc > 6:264815/1‑149 (MQ=255) gTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggc > 8:316265/1‑149 (MQ=255) aTCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggccggc > 6:400971/1‑149 (MQ=255) tCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggccggcc < 5:199110/149‑1 (MQ=255) agcagGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAg > 1:236815/1‑149 (MQ=255) gcagGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAgg > 3:27165/1‑149 (MQ=255) 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ccTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCAc < 4:27165/149‑1 (MQ=255) cTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCAcg > 8:336271/1‑149 (MQ=255) gCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAgggg < 2:158067/137‑1 (MQ=255) gCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAgggg > 1:158067/1‑137 (MQ=255) ccACGCAGAACCAGATCTCGAAAGCAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACgcgc < 3:137170/149‑1 (MQ=255) 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cAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTg > 7:230780/1‑149 (MQ=255) aGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGc < 1:225485/149‑1 (MQ=255) gATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCg < 8:230780/149‑1 (MQ=255) ctcGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGc > 6:46111/1‑148 (MQ=255) gAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGc < 7:316265/145‑1 (MQ=255) 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gtggtgATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGgc < 5:428050/142‑1 (MQ=255) gtgATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTg > 6:333572/1‑149 (MQ=255) tgATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTGAGTTCTGTGATGGCGATGACCGACAAGAGAGATGTTTAATTGACGAGTCTGATGAACTGGCCGGGCAGGGGCGGTAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCTCATCGACTg < 1:7817/148‑1 (MQ=255) aTAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGc < 5:332741/148‑1 (MQ=255) aTAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGc < 3:20204/148‑1 (MQ=255) 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ccACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCg > 7:24562/1‑109 (MQ=255) ccACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCg < 8:24562/109‑1 (MQ=255) cACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggccg < 4:4877/74‑1 (MQ=255) cACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTggccg > 3:4877/1‑74 (MQ=255) ctctTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAg > 6:11810/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGAc < 7:3318/148‑1 (MQ=255) tgtCGGTGATCGCCATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCggg > 3:8015/3‑147 (MQ=255) aTGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGtt < 5:333572/149‑1 (MQ=255) aTGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGtt < 5:264815/149‑1 (MQ=255) aTGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGtt < 6:297084/149‑1 (MQ=255) tGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGc < 7:412044/131‑1 (MQ=255) tGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGc > 8:412044/1‑131 (MQ=255) ggCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCt > 1:431786/1‑149 (MQ=255) cGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCTGa > 7:108414/1‑149 (MQ=255) gATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCTGAc > 3:376607/1‑149 (MQ=255) | CAAGCCTCCGCTCGAGCCGGCTGGCGATGTGCGACAGCGGCAGGTTGATCAGCAGGTACAGGCCTGCCACGCAGAACCAGATCTCGAAAGTAGAGAACGAGGTGGTGATAGCCTCACGGCCACTCTTGGTCAGTTCGGTGATGGCGATCACCGACACCAGCGAGGTGTCCTTGACCAGGCTGATGAACTGGCCGGCCAGGGGCGGAAGCACGCGCTTGAAGGCCTGCGGCAAGATCACATGGCGCATCGACTGGCCAGCGTTCAGGCCCAGCGACCGGGCAGCCTCGTTCTGAC > NC_002947/5722270‑5722563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |