| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 490,740 | G→T | 5.8% | L561M (CTG→ATG) ‡ | lptD ← | LPS‑assembly protein LptD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 490,740 | 0 | G | T | 5.8% | 333.7 / 7.8 | 104 | L561M (CTG→ATG) ‡ | lptD | LPS‑assembly protein LptD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/48); new base T (4/2); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CTTTTGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCA > NC_002947/490595‑490882 | cTTTTGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCt > 1:70348/1‑149 (MQ=255) tttGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGa > 3:40046/1‑149 (MQ=255) tGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGAt < 8:332301/148‑1 (MQ=255) tGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGAt < 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ccGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGc > 7:205661/1‑149 (MQ=255) gAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGa < 3:299807/149‑1 (MQ=255) acGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGtt < 5:152742/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTCGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGtt > 8:203973/1‑147 (MQ=255) gTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGtt > 3:414317/1‑147 (MQ=255) 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aGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGCCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGt < 5:369700/149‑1 (MQ=255) cGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCaa < 2:44421/147‑1 (MQ=255) gCGTGATGTAGCCGTAGCTGGACTACAACGGCAGGCTGATGGAACG‑GGCGACGTTCAGGCGCGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACAACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCATTCAAATCt > 5:3912/1‑149 (MQ=255) tGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGa < 6:46343/149‑1 (MQ=255) gCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGt < 2:315213/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcat < 3:406042/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcat > 5:376573/1‑149 (MQ=255) cTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcat < 7:222291/148‑1 (MQ=255) cTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcat > 6:419786/1‑148 (MQ=255) tGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcatc > 5:50676/1‑148 (MQ=255) ccccttCCATCAGCCTGCCGATGGAAGGAGGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcat > 1:247933/6‑148 (MQ=255) cccttCCATCAGCCTGCCGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTtcatca > 8:188533/5‑148 (MQ=255) gCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTTGATTACCGTCTTCATCaaa < 3:385229/149‑1 (MQ=255) ccATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACg > 4:243912/1‑149 (MQ=255) cATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACgg < 6:376573/149‑1 (MQ=255) aTCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATTCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGc < 1:245961/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGGGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCa < 3:331101/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCa < 3:313413/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCa < 4:198197/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCa < 5:419786/149‑1 (MQ=255) | CTTTTGTAGTCGCCGAACACGTCCAGTGTGTCTGCGTTCGCGCCTGCAATGTCGCCCTTGCCCTTGCTATCCAGGTCAAGGTCGTAATGGGTATACATGTACTTCAGCTTCGGCGTGATGTAGCCGTAGCTGGCCTCCATCGGCAGGCTGATGGAAGG‑GGCGACGTTCAGGCGGGTACCGTTGGCACGCGCTACACCGAAGATGTTTTCATCCAGTCGCCGACCACCTATGCCGTCGGGCTTTAGTCCAGCAGTCAAATCTGGATTACCGTCTTCATCAAAGACGGCA > NC_002947/490595‑490882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |