Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,882,346 | A→G | 5.0% | N303D (AAC→GAC) ‡ | serA → | bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,882,346 | 0 | A | G | 5.0% | 296.7 / 3.6 | 99 | N303D (AAC→GAC) ‡ | serA | bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/52); new base G (3/2); total (45/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AAGGACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGC > NC_002947/5882199‑5882493 | aaGGACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCaa > 4:109758/1‑149 (MQ=255) aaGGACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCaa > 1:310112/1‑149 (MQ=255) ggACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACa < 4:241584/149‑1 (MQ=255) aCAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATc < 1:134165/149‑1 (MQ=255) aGCACCTGATCGGCGCCACCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGc < 2:55767/149‑1 (MQ=255) gCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCg > 6:353855/1‑146 (MQ=255) gCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCg < 5:353855/146‑1 (MQ=255) cACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCt < 4:389442/149‑1 (MQ=255) cACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCt > 6:443360/1‑149 (MQ=255) aCCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCGATGTTGGCCTg < 2:43865/149‑1 (MQ=255) ccTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTgg < 4:186723/149‑1 (MQ=255) ccTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTg > 3:58246/1‑148 (MQ=255) cTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTgg > 8:100887/1‑148 (MQ=255) gATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAg > 5:124489/1‑149 (MQ=255) cGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTgg > 6:435119/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGcc < 8:303434/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGcc > 4:304100/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACAACGGCCTGGAAGTGGcc > 5:340312/1‑149 (MQ=255) 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aaCGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAgc < 4:34473/146‑1 (MQ=255) aaCGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCa > 3:67087/1‑149 (MQ=255) cTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGACCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCa > 2:9536/1‑148 (MQ=255) gACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCTGGCaaa > 1:170858/1‑148 (MQ=255) cgcACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGt < 5:443360/149‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgct > 5:293009/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgct > 2:430128/1‑149 (MQ=255) tggtggTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgctg > 1:427556/1‑148 (MQ=255) gtggtTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGca > 4:8077/1‑148 (MQ=255) tggtTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGcaca > 1:165453/1‑149 (MQ=255) tggtTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGcaca < 3:55427/149‑1 (MQ=255) tCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAg > 4:388686/1‑124 (MQ=255) tCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAg < 3:388686/124‑1 (MQ=255) cACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCAc > 8:189705/1‑148 (MQ=255) cACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACg < 4:67087/149‑1 (MQ=255) cgccgAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGaa < 2:436945/148‑1 (MQ=255) cgccgAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGaa > 1:436945/1‑148 (MQ=255) ccacttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgctg > 6:264395/7‑133 (MQ=255) ccacttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgctg < 5:264395/127‑1 (MQ=255) ttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAACCACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATccc > 5:177379/3‑149 (MQ=255) ttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATccc > 5:184159/3‑149 (MQ=255) cccAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCg > 7:301218/1‑149 (MQ=255) cAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCggg > 7:156153/1‑149 (MQ=255) cAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCggg < 5:20432/149‑1 (MQ=255) ggCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCg < 2:427556/149‑1 (MQ=255) gCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGt > 8:39333/1‑149 (MQ=255) cAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCACACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGc > 7:34283/1‑149 (MQ=255) | AAGGACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGC > NC_002947/5882199‑5882493 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |