| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,882,351 | C→T | 5.0% | I304I (ATC→ATT) ‡ | serA → | bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,882,351 | 0 | C | T | 5.0% | 307.3 / 2.9 | 99 | I304I (ATC→ATT) ‡ | serA | bifunctional D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/alpha‑ketoglutarate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/52); new base T (3/2); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGCTCAGCG > NC_002947/5882203‑5882499 | aCAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATc < 1:134165/149‑1 (MQ=255) aGCACCTGATCGGCGCCACCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGc < 2:55767/149‑1 (MQ=255) gCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCg < 5:353855/146‑1 (MQ=255) gCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCg 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cTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTgg > 8:100887/1‑148 (MQ=255) gATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAg > 5:124489/1‑149 (MQ=255) cGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTgg > 6:435119/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGcc < 8:303434/149‑1 (MQ=255) gcgcCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGcc > 4:304100/1‑149 (MQ=255) 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tggtTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGcaca > 1:165453/1‑149 (MQ=255) tggtTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGcaca < 3:55427/149‑1 (MQ=255) tCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAg > 4:388686/1‑124 (MQ=255) tCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAg < 3:388686/124‑1 (MQ=255) cACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCAc > 8:189705/1‑148 (MQ=255) cACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACg < 4:67087/149‑1 (MQ=255) cgccgAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGaa < 2:436945/148‑1 (MQ=255) cgccgAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGaa > 1:436945/1‑148 (MQ=255) ccacttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgctg < 5:264395/127‑1 (MQ=255) ccacttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTctgctg > 6:264395/7‑133 (MQ=255) ttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAACCACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATccc > 5:177379/3‑149 (MQ=255) ttccAGGCCGATGTTGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATccc > 5:184159/3‑149 (MQ=255) cccAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCg > 7:301218/1‑149 (MQ=255) cAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCggg < 5:20432/149‑1 (MQ=255) cAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCggg > 7:156153/1‑149 (MQ=255) ggCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCg < 2:427556/149‑1 (MQ=255) gCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGt > 8:39333/1‑149 (MQ=255) cAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCACACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGc > 7:34283/1‑149 (MQ=255) cATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGCTCa < 7:39333/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTGGAAGTGACCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGCTCAGc < 1:9536/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGCTCGGCg > 8:66960/1‑149 (MQ=255) | ACAAGCACCTGATCGGCGCCGCCATCGACGTGTTCCCGGTCGAGCCACGCTCCAACGACGAAGAGTTCGAGAGCCCGCTGCGCGGCCTCGACAACGTGATCCTGACGCCGCACATTGGTGGTTCCACCGCCGAAGCCCAGGCCAACATCGGCCTGGAAGTGGCCG‑AGAAACTGGTCAAGTACAGCGACAACGGTACCTCGGTGTCCTCGGTCAACTTCCCGGAAGTGGCCCTGCCAGCGCACCCAGGCAAACACCGTCTGCTGCACATTCACGAAAACATCCCGGGCGTGCTCAGCG > NC_002947/5882203‑5882499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |