Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,902,946 | G→A | 5.4% | P31S (CCT→TCT) | PP_5175 ← | HlyD family secretion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,902,946 | 0 | G | A | 5.4% | 346.1 / 5.1 | 111 | P31S (CCT→TCT) | PP_5175 | HlyD family secretion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/53); new base A (4/2); total (56/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAG > NC_002947/5902798‑5903089 | aCGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAgg < 6:180946/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAgg < 3:238610/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCACCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAgg > 5:363193/1‑149 (MQ=255) gTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAgg > 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acacCCACCCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGAGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgt < 4:87688/149‑1 (MQ=255) cacccaccCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgtg < 8:168124/149‑1 (MQ=255) acccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgt > 8:122423/1‑147 (MQ=255) acccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgt > 5:200794/1‑147 (MQ=255) cacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 4:131865/1‑149 (MQ=255) acccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgt > 6:93856/1‑143 (MQ=255) acccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACtgt < 5:93856/143‑1 (MQ=255) acccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 2:93878/1‑148 (MQ=255) cccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTa < 2:24827/149‑1 (MQ=255) cccGAGACACTGCCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGCCAACCGCCAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGTTGCGACTGTGAGCg > 5:271040/1‑147 (MQ=255) cccGAGACACTGCCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 3:136172/1‑147 (MQ=255) cccGAGACACTGCCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 5:245454/1‑147 (MQ=255) ccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAg < 8:149971/149‑1 (MQ=255) | ACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAG > NC_002947/5902798‑5903089 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |