| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 503,831 | A→T | 7.4% | intergenic (+34/‑117) | PP_0414 → / → rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 503,831 | 0 | A | T | 7.4% | 257.7 / 7.3 | 90 | intergenic (+34/‑117) | PP_0414/rpe | polyamine ABC transporter permease/ribulose‑5‑phosphate 3‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/42); new base T (2/5); total (43/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
GCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATT > NC_002947/503693‑503977 | gCCGCGGCGGCGACCTTTCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTGCCGG‑CCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaa < 4:57581/148‑5 (MQ=255)gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACTGG‑CCTCTTC‑CGGCTTTAGCCgcgaa < 2:266584/148‑5 (MQ=255)gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 2:265209/148‑1 (MQ=255)gCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑Gaa < 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gcggcggcgACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAgg < 6:182268/149‑1 (MQ=255) cggcggcgACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGGTGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTGCCGG‑CCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGc < 5:295440/149‑1 (MQ=38) ggcgACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCgg > 2:320402/1‑148 (MQ=255) gACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGca > 3:326499/1‑147 (MQ=255) aCCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑g < 4:94467/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGt > 3:216113/1‑149 (MQ=255) tGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGt > 3:129272/1‑149 (MQ=255) aTTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGtt < 7:380741/148‑1 (MQ=255) aTTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTg < 4:398457/149‑1 (MQ=255) aTTGCGGTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGGGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGtt < 2:116801/148‑1 (MQ=255) 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tgttgCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTAGTCGACACCAATTGa < 4:216113/148‑1 (MQ=255) gttgCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CGTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATa > 8:242404/1‑149 (MQ=255) gttgCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAAtt < 6:48956/145‑1 (MQ=255) gttgCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAAtt > 5:48956/1‑145 (MQ=255) tgctgcTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATAc > 2:266456/1‑148 (MQ=255) ctgACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGa > 2:192742/1‑130 (MQ=255) ctgACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGa < 1:192742/130‑1 (MQ=255) aCCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGc < 2:379148/148‑1 (MQ=255) cccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCt < 1:212865/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCtt > 2:226162/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCtt > 8:195863/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCAG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGGTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCt > 8:190172/1‑148 (MQ=255) ccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTAGCGGCTAAAACCG‑GAAGAGGCCGGCAAA‑GGTTGCGTTGGTAGACACCAATTGATACCAATCAGGCt > 2:346600/1‑148 (MQ=255) ccTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTCATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTAGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAAATGAAACCAATCAGCCt > 6:20811/1‑148 (MQ=255) tGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCa > 1:110273/1‑149 (MQ=255) gAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAg > 1:149734/1‑141 (MQ=255) gAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATc < 1:162452/149‑1 (MQ=255) gAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATc < 7:156975/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCg < 7:284190/149‑1 (MQ=255) ttGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTc > 8:393793/1‑149 (MQ=255) 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gCCTGTACCGG‑CCTATTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAg < 5:428114/147‑1 (MQ=255) cTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCt < 4:129272/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGG‑CCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGccc > 1:90632/1‑148 (MQ=37) tGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTa > 1:314566/1‑149 (MQ=255) tACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACG‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACg < 5:60597/149‑1 (MQ=255) tACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCGTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACg > 1:139409/1‑149 (MQ=255) cGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTa > 6:398324/1‑149 (MQ=255) gg‑CCTCTTC‑CGGCTTTAGCCGCGAAGAGGCCGGTACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTAt < 6:83448/149‑1 (MQ=38) ctctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGc < 7:190172/149‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGc < 7:195863/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcc < 4:326499/147‑1 (MQ=255) cgcgGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGcccc < 4:108443/147‑1 (MQ=255) cTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAtt < 7:249364/149‑1 (MQ=255) tAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCAtt > 1:137281/1‑148 (MQ=255) | GCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGG‑CCTCTTCGCGGCTAAAGCCG‑GAAGAGGCCGGCACA‑GGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGAATTTGCCAACAGGTGCGCCATGCAGCCCTACGCTATTGCCCCCTCCATT > NC_002947/503693‑503977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |