| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,961,628 | T→A | 5.1% | I175N (ATT→AAT) | lysA‑II → | diaminopimelate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,961,628 | 0 | T | A | 5.1% | 310.3 / 4.3 | 97 | I175N (ATT→AAT) | lysA‑II | diaminopimelate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/39); new base A (2/3); total (55/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
ACCGACGAGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGC > NC_002947/5961483‑5961773 | aCCGACGAGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtgc > 1:226517/1‑149 (MQ=255)aCCGACGAGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtgc < 5:402044/149‑1 (MQ=255) cgacgaGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGGCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCGTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtgccg < 6:440212/149‑1 (MQ=255) gacgaGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtgccga > 7:383646/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtgccgatgcc > 5:13838/1‑148 (MQ=255) cTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGG‑CAAtggcgatgccga < 2:213776/149‑1 (MQ=255) cTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGCACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACGAGTTCGGCATCGC‑CATtgccgatgcc > 5:308055/1‑147 (MQ=255) gAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAg < 8:331716/147‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAg < 6:13838/147‑1 (MQ=255) aGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGcc < 8:118537/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATc > 8:62451/1‑148 (MQ=255) ccTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATc > 1:389059/1‑148 (MQ=255) gtagtCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtg < 1:234959/124‑1 (MQ=255) gtagtCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATtg > 2:234959/1‑124 (MQ=255) gtCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACgcgc > 1:134248/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCCCCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGcgcc > 3:338997/1‑149 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGcgcc > 6:147898/1‑149 (MQ=255) gccgccGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGcgccg > 3:202941/1‑148 (MQ=255) ccgccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGca < 3:412493/149‑1 (MQ=255) gccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGCCGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGca > 1:142996/1‑147 (MQ=255) ccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAg > 1:23283/1‑149 (MQ=255) ccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAg > 1:21337/1‑149 (MQ=255) cgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGc < 5:363778/149‑1 (MQ=255) aaTGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAc < 5:321068/149‑1 (MQ=255) 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cGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 5:70365/149‑1 (MQ=255) cGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 2:185924/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg < 8:166204/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg < 2:134248/149‑1 (MQ=255) gCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTc > 6:120764/1‑148 (MQ=255) 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gTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGCACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCt > 5:13280/1‑149 (MQ=255) cATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATAGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTc < 6:13280/148‑1 (MQ=255) aTCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCt > 7:379609/1‑149 (MQ=255) tctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTc > 7:334703/1‑149 (MQ=255) ctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTc > 4:265906/1‑148 (MQ=255) 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aCAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGcc > 7:161196/1‑90 (MQ=255) aCAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCACACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctgctg > 4:5623/1‑149 (MQ=255) aaGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggt > 3:252493/1‑149 (MQ=255) aaGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGAGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGCGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggt > 6:244758/1‑149 (MQ=255) gTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgc < 2:23283/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGGCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgc < 4:338997/149‑1 (MQ=255) ttCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgct > 8:274056/1‑149 (MQ=255) ttCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgct > 2:418163/1‑149 (MQ=255) ctcggcatcgg‑caATGGCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAAcc > 2:123361/2‑61 (MQ=25) ctcggcatcgg‑caATGGCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAAcc < 1:123361/60‑1 (MQ=25) tCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgct < 3:427646/148‑1 (MQ=255) cGGCATCGG‑CAATGGCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgctg < 3:122843/148‑1 (MQ=255) cGGCATCGG‑CAATGGCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgctg > 4:122843/1‑148 (MQ=255) ggCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTCCGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTgctggtgctggt < 3:62866/149‑1 (MQ=255) ggCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtgctgg < 3:306608/148‑1 (MQ=255) ggCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTgctggtgctggt > 6:77139/1‑149 (MQ=255) gCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTc < 1:418163/149‑1 (MQ=255) cATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCg > 7:5419/1‑149 (MQ=255) aTCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGa > 8:253230/1‑149 (MQ=255) tCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAACGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGAc > 8:265581/1‑149 (MQ=255) c‑cATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGc > 8:253601/1‑149 (MQ=255) | ACCGACGAGCTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGC‑CATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGC > NC_002947/5961483‑5961773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |