| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,048,298 | C→G | 5.4% | T258R (ACG→AGG) | PP_5300 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,048,298 | 0 | C | G | 5.4% | 307.8 / 6.4 | 93 | T258R (ACG→AGG) | PP_5300 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/41); new base G (3/2); total (50/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
ACACACCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTGGAT > NC_002947/6048151‑6048443 | acacacCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACg < 6:365340/149‑1 (MQ=255) cacCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACggtg < 6:336006/149‑1 (MQ=255) acCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACggtgg > 5:54111/1‑149 (MQ=255) ccTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACCACTCGATGCAGGACCACCCTACggtggt < 1:245172/149‑1 (MQ=255) cTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGGCGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTc > 6:60755/1‑149 (MQ=255) cTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTc > 5:71636/1‑149 (MQ=255) tCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCt > 4:245080/1‑149 (MQ=255) cGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCGTAGGGTGGTcct < 3:237437/148‑3 (MQ=255) cGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCGTAGGGTGGTcct < 7:350191/148‑3 (MQ=255) ggAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGGCGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGgc < 5:60755/149‑1 (MQ=255) ggAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGgc < 1:80090/149‑1 (MQ=255) gAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGgcg < 5:361151/149‑1 (MQ=255) gAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGgcg < 8:155845/149‑1 (MQ=255) cACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGcaa < 1:212251/149‑1 (MQ=255) aCCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGCCGCGAGCGCCTCAGCGAGACCCCCGCAAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGCCTAGATGAAGGACCACCCGACGGTGGTCTGGCGcaac > 6:27229/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGcaaccaac > 7:328886/1‑148 (MQ=255) cGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACAccc > 5:167845/1‑149 (MQ=255) cAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCgg < 8:328886/149‑1 (MQ=255) aCCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGc < 5:427834/149‑1 (MQ=255) ccTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGcc > 3:221489/1‑149 (MQ=255) ccTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGcc > 1:28315/1‑149 (MQ=255) cTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCt > 7:191395/1‑149 (MQ=255) cTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCt < 8:191395/149‑1 (MQ=255) aCCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCcgcg > 5:267964/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCCGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTg > 2:148440/1‑147 (MQ=255) tCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGTACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTgcag > 7:276795/1‑148 (MQ=255) tCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTgcag > 6:362538/1‑148 (MQ=255) tGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTgcagcag > 3:368257/1‑149 (MQ=255) gCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTgcagcag > 5:19772/1‑148 (MQ=255) 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tGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGcc < 8:276795/149‑1 (MQ=255) tCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGAc > 4:405745/1‑149 (MQ=255) atctccAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACt < 5:273117/145‑1 (MQ=255) cACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTa > 3:283068/1‑148 (MQ=255) aCCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCGGCACTGCCGGACTACa > 1:338872/1‑149 (MQ=255) 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acTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCAt < 7:405866/149‑1 (MQ=255) cTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATg < 5:82448/149‑1 (MQ=255) tCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATgc > 5:94068/1‑149 (MQ=255) gATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATgcgc > 5:138695/1‑149 (MQ=255) gATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATgcg < 6:5294/148‑1 (MQ=255) aTGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTgg < 6:411930/112‑1 (MQ=255) cAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGc < 7:232506/148‑1 (MQ=255) cagACCACCGTAGGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGccc > 2:380870/3‑149 (MQ=255) cagACCACCGTAGGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGccc > 4:329517/3‑149 (MQ=255) cagACCACCGTAGGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGccc > 8:379810/3‑149 (MQ=255) aGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGccc > 6:133290/1‑149 (MQ=255) gACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCgg > 1:27805/1‑149 (MQ=255) caccCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGt < 5:119996/149‑1 (MQ=255) caccCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGt < 6:35407/149‑1 (MQ=255) cccTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTg > 5:31701/1‑148 (MQ=255) ccTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTGGa < 4:283068/149‑1 (MQ=255) ctccGGGGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTGGAt < 3:245080/146‑1 (MQ=255) | ACACACCTCCGGAGCACCTGGTTGGCCGCAACCTGGGTTCGACCTCCTATGTAGTCTGCGGCCAGCCACAGTGGCGCGAGCGCCTCAGCGAGTCCCCCGCCAGCGTGCCGTGGATCGCACCAGACGACTCGATGCAGGACCACCCTACGGTGGTCTGGCGCAACCAACAACACCCGGGCCTGAGCCCGCGCTACCAGTGCAGCAGCATGTCGACCATCGCCCAGTTGGTAATGGCCGGCCTGGGCGTGGCAGCACTGCCGGACTACATGGTGCATGCGCTGCCCGGGGTGGAT > NC_002947/6048151‑6048443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |