| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 886,084 | G→A | 5.0% | W665* (TGG→TGA) ‡ | PP_0767 → | LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 886,084 | 0 | G | A | 5.0% | 308.2 / 3.2 | 99 | W665* (TGG→TGA) ‡ | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/43); new base A (3/2); total (54/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCGCGCGGGGCTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCGGAGT > NC_002947/885937‑886232 | gcgcgcGGGGCTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTgg < 3:340452/148‑1 (MQ=255) gcgcgGGGCTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGAt > 3:311554/1‑149 (MQ=255) cgGGGCTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGAtgtg < 7:262457/149‑1 (MQ=255) gggCTGGGCGAGGCGAGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGAGTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCCCAGATGTGca < 7:406663/149‑2 (MQ=255) cTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGACACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCGGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTcccccc > 4:268372/1‑149 (MQ=255) tGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCg > 2:17010/1‑149 (MQ=255) ggCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGt < 7:205919/149‑1 (MQ=255) cGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTct < 4:252701/149‑1 (MQ=255) ggCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTctac > 6:225246/1‑148 (MQ=255) gcgcGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTctacta > 2:19656/1‑149 (MQ=255) gcgcGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTctacta > 5:191668/1‑149 (MQ=255) cgcgAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCtactac < 4:111120/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCAt > 7:84803/1‑149 (MQ=255) tGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCAt < 3:69728/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCAt > 4:387034/1‑149 (MQ=255) gCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGGCATTGCGTGCTTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATg < 8:171310/149‑1 (MQ=255) ccGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCCCTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGa > 3:106226/1‑149 (MQ=255) tCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTg < 6:13309/149‑1 (MQ=255) 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ttGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggc > 5:388262/1‑149 (MQ=255) ttGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggc > 3:367721/1‑149 (MQ=255) cgggggCACATCCCAGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggc > 2:13349/6‑149 (MQ=255) cgggggCACATCCCAGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggc > 3:162740/6‑149 (MQ=255) gggCACATCCCAGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGa < 4:261994/135‑1 (MQ=255) gggCACATCCCAGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGa > 3:261994/3‑137 (MQ=255) aTGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggcggc < 7:49724/149‑1 (MQ=255) aTGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggcgg < 1:208103/148‑1 (MQ=255) cacaTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCcggcggcgg < 8:306960/148‑1 (MQ=255) acaTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCa > 2:217835/1‑149 (MQ=255) acaTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCa > 2:134118/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGc > 8:24093/1‑114 (MQ=255) aTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGc < 7:24093/114‑1 (MQ=255) aTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCAcc > 2:379466/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCAcc > 2:351314/1‑149 (MQ=255) aTCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCAcc > 4:395327/1‑149 (MQ=255) tCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTAACTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCg > 4:366088/1‑149 (MQ=255) ggATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCGGa < 3:36941/147‑1 (MQ=255) ggATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCGGAGt > 6:276532/1‑149 (MQ=255) ggATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCAAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCg < 8:128630/145‑1 (MQ=255) | GCGCGCGGGGCTGGGCGAGGCGCGAGCGTGCCGGGACATCAGTGTGCTCATCGGTCATTGCGTGATTGCCACGCTCGATGGCCGGGAAGGTCACTTTGCCGAGGCCTTTGCGGAGCTGGCCGAGGCCGAGCGCTTGATGCACATCTGGGATGTGCCCCCGGTCTACTACCTGGCCATGATTACCCTGGTCAAATGCGAACTGTGGCTGGCCCAGGGGCGTACGGACCTCGCGGAGTCCTGGCTGCAGCGCCTGGGCCAGACCTATGGCGGCGAGCAGCCGGCGGCGGCACCGGAGT > NC_002947/885937‑886232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |