| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,242,983 | 0 | G | A | 9.6% | 283.8 / 14.1 | 104 | intergenic (‑99/‑126) | PP_1083/tsaA | (2Fe‑2S)‑binding protein/peroxiredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/44); new base A (5/5); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CATCGCGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGT > NC_002947/1242836‑1243126 | catcgcGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCgg > 5:205153/1‑149 (MQ=255) cgGATCTGTCCGTCGGTACCGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCTATGGGTTGGAGCTTAATTTTATTGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGGGGTc < 5:301354/149‑1 (MQ=255) cgGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTc < 2:427377/149‑1 (MQ=255) aTCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCt > 8:116909/1‑149 (MQ=255) aTCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCt < 1:157434/149‑1 (MQ=255) tCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCt > 1:274060/1‑148 (MQ=255) cTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCttt > 2:406066/1‑149 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGGATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGt < 6:211660/148‑1 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGt < 7:308459/148‑1 (MQ=255) 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aaaGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCAt > 1:415935/1‑148 (MQ=255) aaaGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATg < 3:9746/149‑1 (MQ=255) gACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATgag > 7:353465/1‑148 (MQ=255) acacacATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGaa < 2:350457/149‑1 (MQ=255) cacacaTACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAg < 5:442051/149‑1 (MQ=255) 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tacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtgt < 6:59604/149‑1 (MQ=255) acataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATga > 2:373614/1‑138 (MQ=255) cataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTa < 1:393824/148‑1 (MQ=255) ataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTat > 7:211893/1‑148 (MQ=255) aaGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTatgat > 4:127597/1‑149 (MQ=255) 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NC_002947/1242836‑1243126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |