| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,242,984 | G→C | 9.5% | intergenic (‑100/‑125) | PP_1083 ← / → tsaA | (2Fe‑2S)‑binding protein/peroxiredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,242,984 | 0 | G | C | 9.5% | 297.1 / 17.2 | 104 | intergenic (‑100/‑125) | PP_1083/tsaA | (2Fe‑2S)‑binding protein/peroxiredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/44); new base C (5/5); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CATCGCGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGTAAGAAA > NC_002947/1242836‑1243132 | catcgcGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCgg > 5:205153/1‑149 (MQ=255) cgGATCTGTCCGTCGGTACCGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCTATGGGTTGGAGCTTAATTTTATTGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGGGGTc < 5:301354/149‑1 (MQ=255) cgGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTc < 2:427377/149‑1 (MQ=255) aTCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCt > 8:116909/1‑149 (MQ=255) aTCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCt < 1:157434/149‑1 (MQ=255) tCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCt > 1:274060/1‑148 (MQ=255) cTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCttt > 2:406066/1‑149 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGGATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGt < 6:211660/148‑1 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCtc < 2:274060/145‑2 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTAAGCGACCACCGGTCGCtcaag < 7:180538/148‑5 (MQ=255) gTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAg > 6:138696/1‑149 (MQ=255) gTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAg > 1:371022/1‑149 (MQ=255) gTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAg > 5:414644/1‑149 (MQ=255) 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atacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgt < 7:340186/148‑1 (MQ=255) tacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtgt < 6:59604/149‑1 (MQ=255) acataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATga > 2:373614/1‑138 (MQ=255) ataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTat > 7:211893/1‑148 (MQ=255) aaGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTatgat > 4:127597/1‑149 (MQ=255) 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aaaGCGACCACCGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGt > 4:243794/3‑149 (MQ=255) aaaGCGACCACCGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGt > 6:419792/3‑149 (MQ=255) aGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGtt < 5:285827/148‑1 (MQ=255) aGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTg < 6:68871/149‑1 (MQ=255) aGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTg < 3:173163/149‑1 (MQ=255) cGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACAGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTgg > 7:73526/1‑148 (MQ=255) aCCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGt > 6:284254/1‑147 (MQ=255) aCCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGt > 5:130081/1‑147 (MQ=255) gtggtCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGTAAGaaa < 2:269840/149‑1 (MQ=255) gtggtCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGTAAGa > 4:337489/1‑147 (MQ=255) gtggaCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTACGCATTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGTAAGa > 5:300455/1‑147 (MQ=255) | CATCGCGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGACGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGAT‑GGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGGTAAGAAA > NC_002947/1242836‑1243132 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |