| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,255,753 | G→C | 5.1% | R32P (CGC→CCC) | mrp → | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,255,753 | 0 | G | C | 5.1% | 313.7 / 4.5 | 98 | R32P (CGC→CCC) | mrp | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/41); new base C (2/3); total (53/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGGTTAGGATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATT > NC_002947/1255609‑1255899 | gggTTAGGATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCCCGcc > 1:24568/1‑149 (MQ=255) gTTAGGATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCAt > 1:9860/1‑149 (MQ=255) aGGATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGa > 4:131230/1‑149 (MQ=255) ggATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGa > 4:405466/1‑148 (MQ=255) gATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGat > 4:11291/1‑148 (MQ=255) gATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATCAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGat > 8:114001/1‑148 (MQ=255) gcggcTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCGGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAg > 8:21756/1‑149 (MQ=255) gcggcTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAg > 1:225382/1‑149 (MQ=255) gcggcTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAg > 3:408639/1‑149 (MQ=255) 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aaCCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAggg < 3:272283/149‑1 (MQ=255) aaCCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAg < 5:90608/147‑1 (MQ=255) aaCCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCCCGAggg > 6:158334/1‑149 (MQ=255) aCCAGGACGCTGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GAGCGCGAGCGATATCCAGGGCGGGCTGGTCAGCGTGGAGTTGGAGTTTGGTTATGCCGCAGGGCTGTTGAACAACGGCTGGGCCCAGTTGCTGCAGGCCGCCATTGGGAGCCTCGAgtgg < 6:12654/149‑1 (MQ=255) aCCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAgggg > 8:111496/1‑149 (MQ=255) gACACGGTCAGCGCGGTCTGCGT‑TCTCGACATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTGAGAGTGCAGTTGCAGTTGGGTTTTGGGGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCGAGGTGCTTCATGCCGCCATTGGGAGCCTCGAgggtttcag < 6:45425/149‑7 (MQ=255) gcgcCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAg > 5:27689/1‑149 (MQ=255) gcCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGt > 4:172608/1‑149 (MQ=255) ccGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGtt < 7:151801/149‑1 (MQ=255) cGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGttt < 8:30193/149‑1 (MQ=255) cgt‑gcgCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTtcgatc < 8:237511/148‑1 (MQ=255) cgt‑gcgCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTtcgat < 7:21756/147‑1 (MQ=255) cgcgcCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTc < 7:276721/114‑1 (MQ=255) cgcgcCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGAtt < 7:23339/148‑1 (MQ=255) cgcgcCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCCCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGAtt < 5:158334/148‑1 (MQ=255) | GGGTTAGGATAGGCGGCTGTTTTACATTCAGTTTGCCAATGGGAGTCTCCATGAGTGCCGTCACCCGTGCCGCCGTTGAAGGCGTGCTTCGCCAGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGT‑GCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATT > NC_002947/1255609‑1255899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |