| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,273,543 | T→C | 6.6% | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,273,543 | 0 | T | C | 6.6% | 213.6 / 4.5 | 75 | D11G (GAC→GGC) ‡ | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/37); new base C (2/3); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
CTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGC > NC_002947/1273395‑1273690 | cttGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGt > 2:168778/1‑149 (MQ=255) tACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAg < 4:204270/148‑1 (MQ=255) ttcttcTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGc > 2:230273/1‑148 (MQ=255) 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ggcacgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg < 1:143669/149‑1 (MQ=255) cgcacgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTgg < 2:106172/148‑1 (MQ=255) acgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGAc < 1:168778/149‑1 (MQ=255) acgggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGCCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGCTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGa > 4:356578/1‑148 (MQ=255) ggTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACAtt < 7:148937/149‑1 (MQ=255) gTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTTGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTg < 1:397838/149‑1 (MQ=255) gTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCa < 1:230273/148‑1 (MQ=255) ttACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGTTCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGatcacc < 4:357848/128‑6 (MQ=37) ttACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGTTCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGatcacc > 3:357848/1‑123 (MQ=37) ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTc > 3:391477/1‑148 (MQ=255) ggCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTc > 4:9589/1‑148 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACt < 7:234285/149‑1 (MQ=255) ccAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACt > 5:396083/1‑149 (MQ=255) aCGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCg < 6:396083/149‑1 (MQ=255) cGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCgg < 3:9589/149‑1 (MQ=255) ttCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATg > 3:308892/1‑148 (MQ=255) ttCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCAGGTATg > 4:397018/1‑148 (MQ=255) ttGCGTTTCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGGACATGGCCGTGC‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCgg < 6:307048/149‑1 (MQ=255) tATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt < 5:6369/149‑1 (MQ=255) tATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGAtt < 3:356578/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTgggg > 2:323945/1‑100 (MQ=255) tCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTa > 7:166784/1‑148 (MQ=255) cTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTca < 4:308892/149‑1 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtctc > 2:117709/1‑144 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtctc < 1:117709/144‑1 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtct < 5:134623/143‑1 (MQ=255) tggtggCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTAtct > 6:134623/1‑143 (MQ=255) 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ccgTGGGGGCCGGGGACCTGGCCGTGG‑TGGTGGTGGTGATCTTGGCCTTGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCa < 8:59889/147‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGCCGTGTAGATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGTTTTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCa < 5:194882/149‑1 (MQ=255) aGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAg > 2:32929/1‑149 (MQ=255) tGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGt > 5:388975/1‑149 (MQ=255) ccGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgat < 5:330890/149‑1 (MQ=255) tACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGCGCAGGTCCCgatggat > 6:379996/1‑148 (MQ=255) aTGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGc < 6:185206/149‑1 (MQ=255) ggCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCCCTACGCGAGATGTGGAGGTCCCGATGGATGAGaaa > 4:248975/1‑149 (MQ=255) tggtggtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGc > 2:211131/1‑147 (MQ=255) gtggtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgat < 4:37195/126‑1 (MQ=255) gtggtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCgat > 3:37195/1‑126 (MQ=255) ggtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTc < 8:166784/149‑1 (MQ=255) gtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCg < 1:32929/149‑1 (MQ=255) gtgATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCACACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCg > 5:30756/1‑149 (MQ=255) aTCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGcc < 1:217684/148‑1 (MQ=255) tCATGGCCCTGACTGCAACCATGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACAGTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAGTGGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCCGGTCCCGATGGATGCGCAGCCCGGTCGCCCGTTCGcccg > 8:160509/1‑148 (MQ=255) tCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACAGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGAGGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCCCCCt > 7:300719/1‑149 (MQ=255) aTGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTg > 5:190124/1‑148 (MQ=255) gCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAg < 6:299009/148‑1 (MQ=255) aTGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGTTTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCGCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTAGCCCTGCAGGGAg > 6:285657/1‑149 (MQ=255) ttGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAAc > 3:88692/1‑149 (MQ=255) 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CTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGG‑TCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCGTCGGGGATTATCTCACCACTGCGCGAGATGTGCAGGTCCCGATGGATGAGCAACCCGGTCGCCAGTTCGCCCTGCAGGGAGTAACGCAGC > NC_002947/1273395‑1273690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |