| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,445,385 | G→C | 6.2% | G337R (GGG→CGG) ‡ | PP_1263 → | fusaric acid resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,445,385 | 0 | G | C | 6.2% | 299.3 / 8.7 | 96 | G337R (GGG→CGG) ‡ | PP_1263 | fusaric acid resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/42); new base C (4/2); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACAA > NC_002947/1445237‑1445533 | gAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCg < 4:204100/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCggg < 4:148625/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCGCCTAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg < 8:284375/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCGCCGAACTGGGCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGGGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg < 7:58230/149‑1 (MQ=255) cccGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTgg < 7:85955/149‑1 (MQ=255) cgccgAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGcc > 6:120700/1‑149 (MQ=255) gccgAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGccc > 6:288095/1‑149 (MQ=255) gAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCt < 6:327072/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAAtt > 3:209978/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTcc < 1:385619/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCt < 1:233042/149‑1 (MQ=255) aGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGAcc < 8:223940/149‑1 (MQ=255) gCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 1:191509/149‑1 (MQ=255) gCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 6:243067/149‑1 (MQ=255) gCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 7:180581/149‑1 (MQ=255) gCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 2:124103/149‑1 (MQ=255) tGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgcgc > 6:371950/1‑148 (MQ=255) tGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGAC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgcgc > 3:125985/1‑148 (MQ=255) 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ggCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGc < 1:409989/149‑1 (MQ=255) cgTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGAt < 4:334463/149‑1 (MQ=255) tGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCt < 5:296708/149‑1 (MQ=255) gCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCttt < 5:4140/149‑1 (MQ=255) cATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCttt > 8:245368/1‑148 (MQ=255) 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gTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTcggcgg < 2:45026/148‑1 (MQ=255) gTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCggg < 2:418462/149‑1 (MQ=255) tC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCgggg < 4:38056/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTAt > 5:319202/1‑148 (MQ=255) aGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTcg < 7:102430/73‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTcg > 8:102430/1‑73 (MQ=255) ccTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACg > 7:396735/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACg > 4:244259/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACg > 5:194313/1‑149 (MQ=255) ggCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTgg < 5:204522/148‑1 (MQ=255) ttCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGt > 2:362259/1‑149 (MQ=255) cagcgggCCACCCCCGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGt > 1:49704/6‑149 (MQ=255) tCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTg > 7:313225/1‑149 (MQ=255) tCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTg > 6:11363/1‑149 (MQ=255) agcgggCCACCCCCGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTc > 4:64416/5‑109 (MQ=255) agcgggCCACCCCCGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTc < 3:64416/105‑1 (MQ=255) gcgggCCACCCCCGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGgggg > 8:378677/4‑149 (MQ=255) cATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGTCGGTg < 2:48277/148‑1 (MQ=255) tGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGcc > 8:363028/1‑149 (MQ=255) ccACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGc < 7:134127/149‑1 (MQ=255) cACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGGCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCt < 4:4015/149‑1 (MQ=255) ccGGGGGTGGCCCGGTGGAATTCCTGACCGGGCGCTAGGTCAACTTCATCGTCGGCCCGGCGATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAAGTGGGCGTGGCCTGGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTAc < 1:74336/149‑1 (MQ=255) gggggTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACaa < 5:11363/149‑1 (MQ=255) | GAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTC‑GGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACAA > NC_002947/1445237‑1445533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |