Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,531,233 | 0 | C | A | 6.6% | 308.6 / 7.7 | 100 | intergenic (+35/+13) | lpxC/PP_1344 | UDP‑3‑O‑[3‑hydroxymyristoyl] N‑acetylglucosamine deacetylase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/45); new base A (4/3); total (52/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AACAACCAGCTGTTGCGCAAGCTGATTGCTGAAACCGATGCCTGGGAAGTGGTCACTTTCGAAGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCA > NC_002947/1531085‑1531375 | aacaacCAGCTGTTGCGCAAGCTGATTGCTGAAACCGATGCCTGGGAAGTGGTCACTTTCGAAGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTc > 5:209632/1‑149 (MQ=255) aacCAGCTGTTGCGCAAGCTGATTGCTGAAACCGATGCCTGGGAAGTGGTCACTTTCGAAGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCggg > 4:123204/1‑149 (MQ=255) aacCAGCTGTTGCGCAAGCTGATTGCTGAAACCGATGCCTGGGAAGTGGTCACTTTCGAAGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCggg < 2:244924/149‑1 (MQ=255) 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aaGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACg > 6:436751/1‑148 (MQ=255) aaGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACg > 3:265423/1‑148 (MQ=255) aaGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGCCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTc < 7:168714/136‑1 (MQ=255) gATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAg < 1:16036/149‑1 (MQ=255) gATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CATTCGGGTGGCCTATAAATTGGATTTGCCTGGGCGTGGGGCGGCAACCGTTGCAGTGCGGCACGGAg > 1:142445/1‑149 (MQ=255) 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ttCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCg < 6:104180/149‑1 (MQ=255) ataaaaaaGGCCA‑CCCGAAGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGATCGGCCg > 3:294479/7‑149 (MQ=255) taaaaaaGGCCA‑CCCGAAGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCg > 5:422196/6‑148 (MQ=255) taaaaaaGGCCA‑CCCGAAGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCAAGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCg > 5:282627/6‑148 (MQ=255) aTTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCAt > 8:383851/1‑149 (MQ=255) ttAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATg > 3:143383/1‑149 (MQ=255) aaGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGtt < 1:75896/129‑1 (MQ=255) aaGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGtt > 2:75896/1‑129 (MQ=255) aaGGCCA‑CCCGAAGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGcc > 1:404892/1‑149 (MQ=255) ggCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGGCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCg < 6:95676/149‑1 (MQ=255) gCCA‑GCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCGTGGGCGTGGGCCTCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGc < 8:16105/149‑1 (MQ=255) gCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGc > 7:369185/1‑149 (MQ=255) gCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGc < 6:276624/149‑1 (MQ=255) cA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCa > 6:90955/1‑149 (MQ=255) cA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTCGGCCGCCAACCGTTCCAGAGCGGCACGCAGATTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATgccagcca > 8:197941/1‑149 (MQ=255) | AACAACCAGCTGTTGCGCAAGCTGATTGCTGAAACCGATGCCTGGGAAGTGGTCACTTTCGAAGATGCCAGCACGGCACCGATCTCGTACATGCGCCCTGTTGCGGCCGTGTAAGTTCGAACACTCTCTAGTTCATTAAGGCCA‑CCTTCGGGTGGCCTTTTTTATGGCTTGCCCTGGGCGTGGGCCGCCAACCGTTCCAGTGCGGCACGCAGTTTGGGGTCGGTAATGCCCTCGGCGGTGTCGCGCAGGCTCTCGGCCGCGCTGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCA > NC_002947/1531085‑1531375 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |