| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,534,902 | G→A | 5.3% | intergenic (+93/‑90) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,534,902 | 0 | G | A | 5.3% | 345.8 / 4.5 | 112 | intergenic (+93/‑90) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/55); new base A (4/2); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGG > NC_002947/1534756‑1535050 | gtgtGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGAt > 3:91924/1‑149 (MQ=255) gtgtGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGAt > 5:218170/1‑149 (MQ=255) tgtgGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATc < 5:97248/149‑1 (MQ=255) tgGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCt > 1:242356/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACCAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgt < 8:409527/149‑1 (MQ=255) ttCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgt < 7:147618/149‑1 (MQ=255) ttCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGcgcggtac < 5:103039/145‑5 (MQ=25) ttCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGcgcggtac > 6:103039/1‑141 (MQ=25) cGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgtg < 3:72678/148‑1 (MQ=255) cGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgtg < 6:215719/148‑1 (MQ=255) gggCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTggg > 3:168133/1‑149 (MQ=255) gCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTggggg > 5:417047/1‑149 (MQ=255) cAAGAAGTTCAAGCATTGCCACTGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggc < 4:371529/149‑1 (MQ=255) 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agaagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGggcgg < 3:355116/149‑1 (MQ=255) aagTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGcc < 7:163574/149‑1 (MQ=255) tCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt > 7:396506/1‑149 (MQ=255) cAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt < 3:271878/148‑1 (MQ=255) cAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt < 1:27276/148‑1 (MQ=255) 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gCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGGCCATGAACGGGCGCGATCCTTGGGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCttt < 5:360620/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGAACCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGc < 5:373144/149‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGcc < 8:349516/146‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGcc > 7:349516/1‑146 (MQ=255) cccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCAcc < 2:47586/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCttt < 7:108079/141‑1 (MQ=255) ccACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCttt > 8:108079/1‑141 (MQ=255) cacaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCt < 3:139268/149‑1 (MQ=255) cacaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCt < 2:289274/149‑1 (MQ=255) tACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAccc < 5:113267/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGtt < 4:73218/149‑1 (MQ=255) gTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCgg < 3:34138/147‑1 (MQ=255) tcgaTGAACGGGCGCTATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGGCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCCTCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtt < 3:257683/146‑1 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGttggtctt < 7:67057/113‑1 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt > 6:232813/1‑149 (MQ=255) gAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGaa > 3:173063/1‑149 (MQ=255) aaCGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTCTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAAc < 1:42438/149‑1 (MQ=255) gggCGCGATCCTTGTGGGGGCTGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCg < 4:168133/149‑1 (MQ=255) ggCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCgg < 4:91924/149‑1 (MQ=255) | TGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGG > NC_002947/1534756‑1535050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |