| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,562,171 | C→A | 6.0% | intergenic (‑81/‑88) | pctA ← / → PP_1372 | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,562,171 | 0 | C | A | 6.0% | 239.0 / 5.7 | 83 | intergenic (‑81/‑88) | pctA/PP_1372 | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/41); new base A (3/2); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.38e-02 | |||||||||||
GCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGGCAA > NC_002947/1562026‑1562318 | gCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCtt > 6:179347/1‑149 (MQ=255) aGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTc < 5:179347/149‑1 (MQ=255) tATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGGGACTTTTC‑gg < 6:154894/149‑1 (MQ=255) aTCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGGGACTTTTC‑gg < 5:225729/148‑1 (MQ=255) aTCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTcc > 1:18884/1‑149 (MQ=255) tCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTcc > 8:89288/1‑148 (MQ=255) tCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCct < 7:89288/149‑1 (MQ=255) aGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTGTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCctct < 3:304902/149‑1 (MQ=255) tGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCctctct < 2:285904/149‑1 (MQ=255) tGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCctctc > 6:319823/1‑148 (MQ=255) tGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCctctc > 2:168840/1‑148 (MQ=255) gATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCctctct < 2:18884/148‑1 (MQ=255) ccgccAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTATTC‑GGCTGTTCCTCTCTAtt > 6:296280/1‑147 (MQ=255) ccAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGc > 8:129906/1‑149 (MQ=255) cAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCAGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCg < 2:84294/149‑1 (MQ=255) aaaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGCTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGAACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa > 7:411108/1‑149 (MQ=255) aaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa > 3:271231/1‑148 (MQ=255) aaTCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑TGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATaa > 3:153774/1‑148 (MQ=255) 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cTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATACCACCCACAgg > 2:255587/1‑148 (MQ=255) cTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGt < 4:356758/149‑1 (MQ=255) tGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTa > 7:352086/1‑149 (MQ=255) tGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTa > 4:106567/1‑149 (MQ=255) aCGAAGGCTTTTTTTCATTGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACAGCCTCATGTATCgg < 8:411108/149‑1 (MQ=255) aCGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCgg > 2:247713/1‑149 (MQ=255) gAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGcc > 8:210276/1‑149 (MQ=255) gCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGGCGAAt > 6:110487/1‑149 (MQ=255) cTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAAtt < 2:306795/149‑1 (MQ=255) ttttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa < 3:183396/122‑1 (MQ=255) ttttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa > 4:183396/1‑122 (MQ=255) ttttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAg > 2:91824/1‑134 (MQ=255) ttttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAg < 1:91824/134‑1 (MQ=255) ttttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAAtt > 6:124500/1‑148 (MQ=255) ttGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTaa < 7:147594/148‑1 (MQ=255) cATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTa > 6:53134/1‑147 (MQ=255) 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tAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCAACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAg > 3:184371/1‑149 (MQ=255) aaTCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTCTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAg > 2:192567/1‑148 (MQ=255) ggTTCCGCTTATGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GTCTGTTCCTCTCTATTAATGCTAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAATCTAAAGCTTGAGCaga < 1:385577/148‑1 (MQ=255) ggTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGGCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCaga < 5:110487/148‑1 (MQ=255) ggTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCtt < 4:205858/141‑1 (MQ=255) ggTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCtt > 3:205858/1‑141 (MQ=255) gTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCagag > 2:389896/1‑148 (MQ=255) ttCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCACACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCagag > 1:360915/1‑147 (MQ=255) ttCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCACACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCagag < 2:360915/147‑1 (MQ=255) cGCTAAGGTTTTATATCATGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGAtt < 5:170621/148‑1 (MQ=255) 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ccGAAAAGGGACTTTTCGGGATGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGgccagc > 7:269909/1‑148 (MQ=255) aaaaGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTc < 5:124500/149‑1 (MQ=255) aaGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCgg < 2:92211/149‑1 (MQ=255) gTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGgc < 1:175318/149‑1 (MQ=255) ccTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGgcaa < 1:223933/148‑1 (MQ=255) ccTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGgcaa < 1:426142/148‑1 (MQ=255) ccTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGgcaa < 1:168840/148‑1 (MQ=255) | GCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTC‑GGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGGCAA > NC_002947/1562026‑1562318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |