Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,819,791 | T→A | 5.0% | intergenic (+28/‑447) | rpoS → / → PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,819,791 | 0 | T | A | 5.0% | 370.1 / 5.1 | 118 | intergenic (+28/‑447) | rpoS/PP_1624 | RNA polymerase sigma S factor/group II intron‑encoding maturase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/64); new base A (4/2); total (52/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.84e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTC > NC_002947/1819643‑1819938 | tGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCTTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 6:129872/1‑149 (MQ=255) gTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCTTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGt > 5:369778/1‑148 (MQ=255) ttGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCATGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGa > 1:363411/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGAtc‑t‑c > 5:37900/1‑149 (MQ=255) tGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cgg > 7:195842/1‑149 (MQ=255) tGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑Cgg > 7:276845/1‑149 (MQ=255) gaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCg > 1:206249/1‑149 (MQ=255) gaTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCg > 5:64567/1‑149 (MQ=255) atgcgCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGAAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCTAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑t < 3:365413/145‑1 (MQ=255) aTCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑t > 3:74079/1‑149 (MQ=255) gcattACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGGTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCC‑TAGATCAC‑CGGGGCG‑ttttt < 2:43704/146‑1 (MQ=255) cTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTtgt < 4:150272/149‑1 (MQ=255) cTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTtgt < 6:64567/149‑1 (MQ=255) cTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTtgt > 2:552/1‑149 (MQ=255) aCCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCC‑TTTTtgtgtg > 5:420532/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcg > 4:192698/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcg > 7:337306/1‑149 (MQ=255) ccGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcg > 3:358406/1‑149 (MQ=255) cGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTgcgc < 1:390610/149‑1 (MQ=255) aCGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAgg > 5:391840/1‑148 (MQ=255) gggTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCAt < 1:552/149‑1 (MQ=255) gTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATgg > 8:253259/1‑149 (MQ=255) ggCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGcgcg > 3:69436/1‑149 (MQ=255) gCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCCGTGATC‑T‑CGGTGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCTCGt > 4:2619/1‑149 (MQ=255) aaaTCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTg > 3:180050/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTgcgc < 7:242451/149‑1 (MQ=255) ggTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑At > 5:1744/1‑149 (MQ=255) gTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATg > 7:135918/1‑149 (MQ=255) gTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATg > 5:206284/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATgc < 3:408691/149‑1 (MQ=255) ggcaGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATgcg > 3:306542/4‑149 (MQ=255) aaGGGCTCATGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATgcgc < 6:42724/148‑1 (MQ=255) gggCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAAc < 6:344654/149‑1 (MQ=255) cTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCAT‑ACGCGCAAcgcg < 2:302809/149‑1 (MQ=255) aaGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCtt > 7:389971/1‑149 (MQ=255) gcgcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTgg < 2:62436/149‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGCGAGAGCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCCGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTgg < 2:103098/149‑1 (MQ=255) ccgcTTGAGCGATATCCTTGAAAAGAATGGTCTTTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCTCTGTAACAAAAAACGCCACGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTgg < 2:108967/148‑1 (MQ=37) cgcTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGt < 8:337306/149‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTGCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 3:184077/148‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 2:206249/148‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 1:167129/148‑1 (MQ=255) gcgcGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg > 2:402548/1‑149 (MQ=255) cgcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCTAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggt < 1:402548/149‑1 (MQ=255) cgcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggt < 4:303854/149‑1 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGc < 2:382656/137‑1 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGc > 1:382656/1‑137 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGtt < 8:3032/143‑1 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGtt > 7:3032/1‑143 (MQ=255) gcgAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggtg < 3:384649/149‑1 (MQ=255) agaTCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCA‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGcc < 6:420532/149‑1 (MQ=255) tCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCaa < 8:195842/148‑1 (MQ=255) cTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGt < 4:358406/148‑1 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg > 6:106908/1‑136 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg < 5:106908/136‑1 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTgg < 3:58410/147‑1 (MQ=255) gAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGATCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTCATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTCCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTAGGTTCTGGTGGCCAACTGGGt > 8:138878/1‑149 (MQ=37) aaaaGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGt < 8:389971/148‑1 (MQ=255) aaaaGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGt < 6:27120/148‑1 (MQ=255) aaTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGt < 7:14641/107‑1 (MQ=255) aaTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGt > 8:14641/1‑107 (MQ=255) aaTGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTg < 8:135918/149‑1 (MQ=255) tGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTTTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGa < 4:69436/149‑1 (MQ=255) gTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAgg < 3:192698/149‑1 (MQ=255) gTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAgg > 6:295865/1‑149 (MQ=255) tCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGt < 7:97920/149‑1 (MQ=255) aGCGAGTCATTGTTCCTGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTc < 4:217825/149‑1 (MQ=255) gCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg < 2:31046/117‑1 (MQ=255) cGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCTTGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGATAGTCct < 7:138878/149‑1 (MQ=255) gAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc < 2:12790/149‑1 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca > 1:244115/1‑148 (MQ=255) aTTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTaca > 7:296518/1‑148 (MQ=255) ttGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacaca > 1:209555/1‑149 (MQ=255) ttGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacaca > 7:80042/1‑149 (MQ=255) tCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCg > 5:314705/1‑149 (MQ=255) gTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa > 8:282609/1‑129 (MQ=255) gTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa < 7:282609/129‑1 (MQ=255) tagctagcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAg > 8:296847/1‑149 (MQ=255) tagcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 4:120896/1‑148 (MQ=255) agcGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 6:118188/1‑147 (MQ=255) gcTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtg > 3:284173/1‑149 (MQ=255) acacaaaaaCGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg > 5:261401/5‑149 (MQ=11) acacaaaaaCGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAg > 5:434535/5‑149 (MQ=11) aCAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGcc < 6:206284/149‑1 (MQ=255) aCAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGAGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGcc < 4:74079/149‑1 (MQ=255) cAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg < 6:391840/149‑1 (MQ=255) caaaaaCGCCCC‑GAGATCAC‑CGGGGCGTTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg > 2:141173/2‑149 (MQ=11) aaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 8:110411/1‑135 (MQ=255) aaaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa < 1:228038/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 7:296847/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 6:369778/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 3:11814/149‑1 (MQ=255) aaaCGCCCC‑GAGATC‑ACCGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggtg > 2:54098/1‑83 (MQ=11) aCGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTGATCCGCAACCCGGTTGGTTGTGTTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGACATGTCCACACCCGGAAAGGGGAAGTGTTAGCGGGAgg > 1:337923/1‑148 (MQ=14) gCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAg > 5:97578/1‑149 (MQ=255) ccccGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGAGTTAGCCGGAGGCAAgg < 2:209555/149‑1 (MQ=255) ccGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGgt < 4:284173/149‑1 (MQ=40) cGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGgtg > 3:333247/1‑149 (MQ=40) gTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTTTCCAAATTTGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTTTTAGCCTGAGGCAAGGGTGTc < 6:59669/149‑1 (MQ=11) gTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGTGTGTc < 2:244115/149‑1 (MQ=38) | TGTTGGGCTGGAGATCGGCCTTACCCGTGAACGGGTGCGGCAAATCCAGGTGGAAGGGCTCAAGCGCTTGCGCGAGATCCTTGAAAAGAATGGTCTGTCCAGCGAGTCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATC‑T‑CGGGGCG‑TTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGT‑ATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTC > NC_002947/1819643‑1819938 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |