| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,875,970 | G→A | 7.7% | A232T (GCC→ACC) | cobS → | adenosylcobinamide‑GDP ribazoletransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,875,970 | 0 | G | A | 7.7% | 187.1 / 3.6 | 65 | A232T (GCC→ACC) | cobS | adenosylcobinamide‑GDP ribazoletransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/39); new base A (2/3); total (23/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
CCCCGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACTTCCAG > NC_002947/1875823‑1876110 | ccccGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgc > 2:25546/1‑149 (MQ=255)ccccGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgc > 7:43269/1‑149 (MQ=255) ccgggCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccg < 8:124537/144‑1 (MQ=255) cccGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgcc > 6:280593/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgca > 7:124537/1‑148 (MQ=255) cgcgcAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGc < 8:112890/149‑1 (MQ=255) cgcgcAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGCGGTATCACCGGTgg < 3:332724/149‑2 (MQ=255) cgcgcAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGCGGTATCACCGGTgg < 7:125941/149‑2 (MQ=255) cgcgcAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTCGGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGAGGGAGCGGGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGc < 8:330141/149‑1 (MQ=255) 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ttCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATTCCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCgg < 8:224490/149‑1 (MQ=255) cTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGt < 8:43378/148‑1 (MQ=255) gCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTg > 8:62323/1‑149 (MQ=255) ccTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTgctggagctgctggagct < 7:384517/129‑1 (MQ=255) ccTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTgctggagctgctggagct > 8:384517/1‑129 (MQ=255) ctctTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgcc > 8:167517/1‑102 (MQ=255) ctctTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAccgcc < 7:167517/102‑1 (MQ=255) ctctTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGgc > 6:211237/1‑149 (MQ=255) ctTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGgcgc > 3:201396/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCt > 6:407511/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCt < 7:62323/149‑1 (MQ=255) cTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTgg < 1:208993/148‑1 (MQ=255) ggCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTgggg < 8:237797/147‑1 (MQ=255) cGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCttt < 5:280593/149‑1 (MQ=255) cGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCttt < 5:392912/149‑1 (MQ=255) ggATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTg < 4:319501/149‑1 (MQ=255) gATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGa < 4:212568/149‑1 (MQ=255) aTGGAGCGTGCTGCTGGAGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATATGCCGGCGCCTGGGCGGGACCAACTGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTTGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCATACGCGGTGTGGCTCTCGGGCTTTGAg > 8:384788/1‑149 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGa < 1:121693/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGa < 8:43269/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAc > 2:236114/1‑149 (MQ=255) tgctgcTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGCTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑gg > 3:402345/1‑149 (MQ=255) cgctggcgGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCgg < 8:79187/149‑1 (MQ=255) gcgGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGCC‑GGCCCTGTCGGGGCCg > 8:349073/1‑149 (MQ=255) gtTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTg < 7:267445/149‑1 (MQ=255) gtTTGCCTCGTTGCGGCATCTGATGTGACGGCGCCTGGGAGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGACCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGATGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCAGATTTg > 2:48908/1‑149 (MQ=255) tttGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTg < 6:326591/148‑1 (MQ=255) gTTGCGGAATGGGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATAACGCCGGTGCGCTGCTGGATCTGCTGGAGCTGGACTGCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGTC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCtt < 7:384788/148‑1 (MQ=255) ttGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTc < 6:432393/149‑1 (MQ=255) gCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCg < 5:407511/148‑1 (MQ=255) tCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAgg > 5:345429/1‑149 (MQ=255) tCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAgg > 2:342326/1‑149 (MQ=255) 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ggCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGcagcag > 8:162744/1‑129 (MQ=255) ggCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGcagcag < 7:162744/129‑1 (MQ=255) ggACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGt < 4:201396/149‑1 (MQ=255) aacgcaccGGCGGTATCACCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAg > 1:66466/5‑148 (MQ=255) gACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGACGGGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGt < 1:342326/149‑1 (MQ=255) cgcaccGGCGGTATCACCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTaa > 1:187014/3‑149 (MQ=255) caccGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTCCTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGCC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACt < 1:25546/149‑1 (MQ=255) ccGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACTTc > 6:388830/1‑149 (MQ=255) cGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACTTcc < 1:225841/149‑1 (MQ=255) gTGATACCGGCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACTTCCAg < 6:373678/149‑1 (MQ=255) | CCCCGGCGCGCAGCAGGGTGGGTATTGCTGGTTTGTGTGCTGTTCTGCCTCTTCCTGGGCGGATGGAGCGTGCTGCTGGCGCTGGCGGTGTTTGCCTGGTTGCGGCATCTGATGTGCCGGCGCCTGGGCGGGACCACCGGTGATACCGCCGGTGCGTTGCTGGAGCTGCTGGAGCTGGCCGTCGTACTCGGTTTGGCGCTGGGGCTTTGAGCTGGAC‑GGCCCTTTCGGGGCCGCTTTGCAGTGCTTTCGCAGCAGGCCATACGGGGGGAGGGGGCCAGTAACTTCCAG > NC_002947/1875823‑1876110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |