| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,905,409 | A→G | 5.9% | D555G (GAC→GGC) | nirB → | nitrite reductase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,905,409 | 0 | A | G | 5.9% | 289.9 / 6.3 | 101 | D555G (GAC→GGC) | nirB | nitrite reductase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/44); new base G (3/3); total (54/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGT > NC_002947/1905262‑1905557 | tGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑Gac < 5:442034/149‑1 (MQ=255)tGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑Ga > 5:113280/1‑148 (MQ=255) acggTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGTGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACAcc < 6:238277/147‑1 (MQ=255) 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tttCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCa > 2:155362/1‑149 (MQ=255) aGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGc < 4:358601/149‑1 (MQ=255) cGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCAt < 7:187235/144‑1 (MQ=255) cGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCAt > 8:187235/1‑144 (MQ=255) cGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGcc > 3:337548/1‑148 (MQ=255) aCTGCTCGAGCGCCATTGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTTCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCAGATCATCGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACa > 2:120415/1‑149 (MQ=255) aCTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACa > 4:198678/1‑149 (MQ=255) aCTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACa > 3:403852/1‑149 (MQ=255) aCTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACa > 4:240500/1‑149 (MQ=255) tGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTACAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATg > 5:227670/1‑149 (MQ=255) 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aCCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGCCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATAc < 6:441797/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGa > 1:302154/1‑149 (MQ=255) cGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAc < 3:56768/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACTGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAcc < 6:227670/149‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGCTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAc < 1:254251/149‑1 (MQ=255) tcGTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAACCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAc > 8:209202/2‑147 (MQ=255) cGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTg < 2:435250/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAATAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCCGGTGGCCAAGAAATa < 7:78713/141‑1 (MQ=255) gTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTg > 2:212890/1‑148 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATaa < 4:10280/97‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATaa > 3:10280/1‑97 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTa < 1:282592/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTaca < 3:16843/148‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc < 2:302154/149‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc < 3:240500/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc > 6:219148/1‑148 (MQ=255) gCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc > 6:377701/1‑148 (MQ=255) cTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc > 3:198747/1‑144 (MQ=255) cTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGan < 2:405456/149‑2 (MQ=255) aG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCAcc < 2:60399/149‑1 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGGGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCgg > 3:411656/1‑149 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAAt < 4:367542/124‑1 (MQ=255) gACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAAt > 3:367542/1‑124 (MQ=255) acaacaACGACACCCTCAATGCCAACATGCACAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGt < 3:243254/149‑1 (MQ=255) | TGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACCAAGATCACCGGT > NC_002947/1905262‑1905557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |