Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,916,385 | G→C | 5.5% | intergenic (+87/‑28) | PP_1715 → / → PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,916,385 | 0 | G | C | 5.5% | 280.3 / 3.8 | 86 | intergenic (+87/‑28) | PP_1715/PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/38); new base C (2/3); total (45/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
CGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGA > NC_002947/1916239‑1916531 | cgcgTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGc < 5:401809/148‑1 (MQ=255) cgcgTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCt < 5:408549/149‑1 (MQ=255) gTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTTGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAAt < 3:100567/148‑1 (MQ=255) gTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATc < 6:156694/149‑1 (MQ=255) tCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATcc > 5:37687/1‑149 (MQ=255) tCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAAt > 1:94768/1‑147 (MQ=255) tCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAAt < 2:94768/147‑1 (MQ=255) cGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCt > 2:119566/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAATccgt < 8:171231/149‑3 (MQ=255) gAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACAGCATGTAATccg < 8:224041/148‑2 (MQ=255) gcCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTaa < 1:253359/140‑1 (MQ=255) gcCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTaa > 2:253359/1‑140 (MQ=255) cTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGGGCAACAAGTAATGAAGCCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTAGATGCTGTAATCCT‑TTTTa > 3:358733/1‑147 (MQ=255) cTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTa > 7:124213/1‑147 (MQ=255) 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cgcTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTAtt > 5:164846/1‑149 (MQ=255) gcTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTc < 1:351219/149‑1 (MQ=255) tGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCGTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATGAGGGTGATGCCTACGGATTACATGCTGAAATACA‑TTTTATAGGTGTTGGTAATGGGGATTCAGGtgat > 8:127718/1‑148 (MQ=255) acaaGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGCCATCAGCCGGGAc > 6:57790/1‑149 (MQ=255) aaTGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATCCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCaa > 3:346710/1‑149 (MQ=255) 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aCCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGtt < 3:318965/146‑1 (MQ=255) aCCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGt < 6:37687/145‑1 (MQ=255) aCCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTccc < 6:64291/149‑1 (MQ=255) ccTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCt < 6:39295/149‑1 (MQ=255) cTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATggg > 4:363080/1‑98 (MQ=255) cTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATggg < 3:363080/98‑1 (MQ=255) cTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTg > 3:130749/1‑149 (MQ=255) tCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGt > 1:230501/1‑106 (MQ=255) tCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGt < 2:230501/106‑1 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCGTgg > 4:317785/1‑147 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGa < 8:124213/149‑1 (MQ=255) cTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACTCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAg > 3:345369/1‑148 (MQ=255) 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cTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGc > 3:77108/1‑149 (MQ=255) ggAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGtt < 5:139548/149‑1 (MQ=255) gTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCt < 6:76534/149‑1 (MQ=255) gTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCt < 3:131984/149‑1 (MQ=255) ttGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTgg < 7:116571/128‑1 (MQ=255) ttGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTgg > 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tACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCgg > 3:415993/1‑149 (MQ=255) aCGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGt > 8:50295/1‑149 (MQ=255) cGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGt < 8:235651/148‑1 (MQ=255) cGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGt < 8:241913/148‑1 (MQ=255) ttACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCa < 6:282544/149‑1 (MQ=255) aCATGCTGTAATCCT‑TTTTTAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGt > 4:342712/1‑149 (MQ=255) aCATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAg < 7:50295/148‑1 (MQ=255) aTGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGGCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGa < 7:96207/149‑1 (MQ=255) | CGCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGATTACATGCTGTAATCCT‑TTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGA > NC_002947/1916239‑1916531 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |