Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,098,760 | A→T | 5.0% | I377N (ATT→AAT) | PP_1875 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,098,760 | 0 | A | T | 5.0% | 248.3 / 2.2 | 79 | I377N (ATT→AAT) | PP_1875 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/38); new base T (2/2); total (39/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 |
TGACGATCTGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAGGGCGA > NC_002947/2098614‑2098907 | tGACGATCTGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCATTg > 3:340599/1‑149 (MQ=255) cGATCTGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGt < 5:240496/149‑1 (MQ=255) gATCTGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGtt > 8:23300/1‑149 (MQ=255) atatGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTc > 3:73875/4‑149 (MQ=255) gCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGc > 2:421351/1‑149 (MQ=255) ccGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCATTGCGTTcgac < 4:340599/147‑4 (MQ=255) ccGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCATTGCGTTcga < 1:134585/146‑3 (MQ=255) gCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGct‑‑ct < 2:102195/149‑1 (MQ=255) gCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGct‑‑c > 4:420172/1‑148 (MQ=255) gTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGcc > 7:307158/1‑149 (MQ=255) gTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACTCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCAt < 4:73875/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCg > 1:398423/1‑148 (MQ=255) ccGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGaa < 5:212162/149‑1 (MQ=255) gCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTg < 5:247549/149‑1 (MQ=255) gCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTg < 3:429540/149‑1 (MQ=255) cACGCTGCTGGGGAAGTCACTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTg > 1:123577/1‑148 (MQ=255) tgctgGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCGACGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACaa > 1:102984/1‑149 (MQ=255) ggggAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTc > 3:338192/1‑147 (MQ=255) gAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGt < 4:420119/143‑1 (MQ=255) gAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGt > 3:420119/1‑143 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTACACTCTTTGCG‑CTTTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGaa < 4:271770/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCg < 3:164231/148‑1 (MQ=255) cTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGtt < 2:123577/149‑1 (MQ=255) gCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTc < 6:191547/147‑1 (MQ=255) cGATCAGGCAGGGCAGCGCCACACTGTGCG‑CGGTGTTCTGCGTCAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCCCCATCGAGGCCCTGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGGCAAGAATATCGTTcagc < 2:405342/149‑1 (MQ=255) gATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTcag > 2:205652/1‑147 (MQ=255) gATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTcag > 6:325706/1‑147 (MQ=255) aTCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTcagcag < 2:398423/149‑1 (MQ=255) tCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCagcagc > 8:46441/1‑149 (MQ=255) caggTCAGCTCCACACTTTGCG‑CTGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTAc < 6:116117/149‑1 (MQ=255) aggTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTAcc < 1:205652/149‑1 (MQ=255) tCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGc < 6:388214/149‑1 (MQ=255) aGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGTTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCAc > 2:140749/1‑149 (MQ=255) cTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCt > 7:73433/1‑149 (MQ=255) tCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCAATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCtt > 2:276456/1‑149 (MQ=255) cacaCTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCtt < 8:307158/147‑1 (MQ=255) acacTTTGCG‑CTGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCTGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTTGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGcc < 7:118493/149‑1 (MQ=255) cacTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGccc < 8:369970/149‑1 (MQ=255) cacTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGccc < 8:300557/149‑1 (MQ=255) tttGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAg > 8:345572/1‑149 (MQ=255) attGCG‑CGCTGTTCTGCGACACCAGGTTGGCGGTCTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCACCA‑‑CAAGCTGCCCGGCATCGAACTTGGACAACTCAAGAATAACCTTCACCAGCTCAACCAGCACCTAGCCCGAg > 6:136706/2‑149 (MQ=255) cg‑cgGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGTTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCAt < 1:140749/149‑1 (MQ=255) cgGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATgg < 7:291644/149‑1 (MQ=255) cgGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATgg > 5:221033/1‑149 (MQ=255) cgGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATgg < 1:421351/149‑1 (MQ=255) cgGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATgg > 2:47392/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATggg < 3:219839/149‑1 (MQ=255) ggTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATggg < 1:47392/149‑1 (MQ=255) gtgtTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGc > 8:402118/1‑149 (MQ=255) cTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATa < 2:296053/148‑1 (MQ=255) cTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAg > 2:182659/1‑149 (MQ=255) tGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCTGGATCGCTGGCCGGCAGGGAAATGGGAAAATTAAAGAATAAGTTACAGCAGATATACCAGCCCATTGCCCGGGTCATGGGCGATa > 1:348167/1‑149 (MQ=255) tGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATa < 5:98955/147‑1 (MQ=255) tGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATa > 6:98955/1‑147 (MQ=255) tGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGc > 8:218683/1‑149 (MQ=255) cGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAAGTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGc > 8:122608/1‑147 (MQ=255) gACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAg > 1:273362/1‑149 (MQ=255) ggCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGt < 7:23300/148‑1 (MQ=255) cGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATTCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGc < 1:276456/149‑1 (MQ=255) ttCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATa < 2:429128/124‑1 (MQ=255) ttCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATa > 1:429128/1‑124 (MQ=255) ttCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTgg > 4:191373/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTGAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCCTTGCTCGCTggg > 6:291232/1‑148 (MQ=255) ccaccaTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGTGTTGCTCGCTgg < 5:325706/147‑1 (MQ=255) ccaccaTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTg < 7:244286/146‑1 (MQ=255) ccaccaTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAACAATATAGTTCAGCAGATCTACCAGCACATTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCAAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTggg > 1:61191/1‑148 (MQ=255) ccaccaTCGAGCCCATGGCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTg < 7:92649/146‑1 (MQ=255) ccaTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCGTGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGTAGTTGGACAAGTCATGAATCTCGTGCAGCAGCTCTACCAGCAGGTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGc < 5:136706/149‑1 (MQ=255) caTCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCg > 4:129405/1‑149 (MQ=255) cATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTc > 3:181141/1‑147 (MQ=255) cATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCa < 7:345572/149‑1 (MQ=255) aTGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAg > 8:295724/1‑149 (MQ=255) ctggAACGCATTGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCCGCGGGTTGTCCAgcg > 4:39788/4‑149 (MQ=255) tCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAgcgc > 6:125899/1‑149 (MQ=255) aaCGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAg > 7:219616/1‑149 (MQ=255) aaCGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAg > 7:40558/1‑149 (MQ=255) aCGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAgg < 7:295724/149‑1 (MQ=255) cGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCCGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAggg < 8:102056/149‑1 (MQ=255) cAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAGGGCg < 2:273362/149‑1 (MQ=255) aaTGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAGGGCGa > 6:134517/1‑149 (MQ=255) | TGACGATCTGCCGCACACGCGTGGGGTCGCCGAGCACGCTGCTGGGGAAGTCGCTGGCGATCAGGCAGGTCAGCTCCACACTTTGCG‑CGGTGTTCTGCGACAGCAGGTTGGCGGTGTCTTCCACCATCGAGCCCATGTCGAACGCAATGCGTTCCAGCT‑‑CTAGCTGGCCGGCATCGAACTTGGACAAGTCAAGAATATCGTTCAGCAGCTCTACCAGCACCTTGCCCGAGTCATGGGCGATAGCCAGTTGCTGGCGTTGCTCGCTGGGCAGCGGGTTGTCCAGCGCCAGGGCGA > NC_002947/2098614‑2098907 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |