Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,290,396 | C→T | 8.1% | intergenic (+21/‑254) | pepN → / → PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,290,396 | 0 | C | T | 8.1% | 138.2 / 2.1 | 49 | intergenic (+21/‑254) | pepN/PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/25); new base T (2/2); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
CTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCA > NC_002947/2290250‑2290542 | cTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCa < 1:121289/149‑1 (MQ=255) acacGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCg < 4:98998/149‑1 (MQ=255) acacGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCg < 2:367927/149‑1 (MQ=255) acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 1:128420/1‑149 (MQ=255) ggCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccccaa < 7:215139/149‑3 (MQ=255) cgcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGCTGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCt < 8:402838/149‑1 (MQ=255) aaGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTc > 7:163111/1‑149 (MQ=255) tGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCgg < 1:393421/149‑1 (MQ=255) gACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTcc < 3:158980/144‑1 (MQ=255) gACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTcc > 4:158980/1‑144 (MQ=255) aCGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTCTGTTTGAGTTGTATTGTTATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGc < 1:142534/148‑1 (MQ=255) gATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGa < 8:232417/149‑1 (MQ=255) cgTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGAcaacaa < 4:394382/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGTCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACaaaa < 2:169001/149‑1 (MQ=255) gatgaAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGTCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACAcc > 5:164300/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACa > 6:348552/1‑129 (MQ=255) cTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACa < 5:348552/129‑1 (MQ=255) ggAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTc > 2:224785/1‑149 (MQ=255) gtccgaaTTGTGGCTTGGTGTGAGTTGTCCATTCTTGGTTATGAGGTTGTTTGCAAGAGTCGGGGGTAATTCTGGGTATTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTc < 4:22030/142‑1 (MQ=255) ttCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCaaa > 6:7564/1‑148 (MQ=255) tGGGTTCGGGTGAGTTGTCCAGGGATGGGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATc < 8:163111/149‑1 (MQ=255) tgggccAGTGATGTGTATGAGGTCGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGCTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGAtctc < 4:83144/145‑1 (MQ=255) gTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATctcc < 5:7564/148‑1 (MQ=255) aGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGTCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAg < 6:164300/149‑1 (MQ=255) gtgtATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTg > 8:66709/1‑149 (MQ=255) tGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGc < 2:128420/149‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGATACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGc > 2:186226/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGcc > 7:208143/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGc < 8:94671/148‑1 (MQ=255) gTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCctc > 8:389323/1‑148 (MQ=255) gTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTAGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCGGGCctc > 7:334959/1‑148 (MQ=255) gtgAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCctc > 3:169158/1‑145 (MQ=255) gAGCAATTGTCTGGCGTAATTCTGGTGATTTGTGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAATCATAACACCCCGCCCGTTGTACTCGCGCAATCATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTg < 4:31443/135‑1 (MQ=255) aGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCa < 5:264264/149‑1 (MQ=255) gCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATcc > 4:24377/1‑108 (MQ=255) gCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATcc < 3:24377/108‑1 (MQ=255) 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aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCa < 1:229665/148‑1 (MQ=255) ttGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAtt > 3:239153/1‑148 (MQ=255) ttGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAtt > 5:65364/1‑148 (MQ=255) ggggCCGCTGGGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGc > 1:304085/1‑143 (MQ=255) ggggCCGCTGGGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGc < 2:304085/143‑1 (MQ=255) ggggCCGCTGGGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAc > 7:340357/1‑149 (MQ=255) ggggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGa < 4:203432/148‑1 (MQ=255) ggggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTACATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGa < 1:224785/148‑1 (MQ=255) ccgccCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCGGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccac < 8:334959/149‑1 (MQ=255) cccAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacca > 7:57950/1‑148 (MQ=255) | CTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCA > NC_002947/2290250‑2290542 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |