| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,421,572 | T→C | 7.8% | L128P (CTG→CCG) | moaB‑I → | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,421,572 | 0 | T | C | 7.8% | 246.2 / 9.0 | 92 | L128P (CTG→CCG) | moaB‑I | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/45); new base C (5/2); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
GTACCGGGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAG > NC_002947/2421425‑2421719 | gTACCGGGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTg < 6:381734/149‑1 (MQ=255)gTACCGGGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTg < 1:251412/149‑1 (MQ=255) aCCGGGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGc > 3:219609/1‑149 (MQ=255) gggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCaa > 6:340708/1‑149 (MQ=255) gggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCaa > 5:357425/1‑149 (MQ=255) ggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAAc < 4:300874/149‑1 (MQ=255) ggTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAAc > 6:315643/1‑149 (MQ=255) aCTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCG‑TTGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCAc < 5:188181/148‑1 (MQ=255) tGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGc > 2:273811/1‑149 (MQ=255) gTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTg > 7:376628/1‑149 (MQ=255) aCAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgc > 4:386663/1‑149 (MQ=255) cAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgct > 5:93657/1‑149 (MQ=255) aGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCGTGCTGGAGAAGCAAGTAGACGGCTTTGGGGCGCTGTGCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCCTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGtgctg < 3:126116/149‑1 (MQ=255) aGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGGC‑TTGGCCGGGCGGGGCCACCGCACGCCGgtgttgtg > 2:204767/1‑145 (MQ=255) gCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGGCCGCTGGTGtgctgc > 1:195126/1‑149 (MQ=255) ccccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGctgcctgc > 8:210858/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGctgcctgc > 1:49138/1‑147 (MQ=255) ccGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCa < 8:177766/149‑1 (MQ=255) 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gACAAGCAAGTAGACTGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCtgt < 7:315719/143‑1 (MQ=255) gACAAGCAAGTAGACTGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCtgt > 8:315719/1‑143 (MQ=255) caagcaagTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCg > 2:288739/1‑149 (MQ=255) caagcaagTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCg < 2:177653/149‑1 (MQ=255) aagcaagTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACCAAAGGATGTGCGTACCg > 1:369041/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGTGCAGTCGCGTGCC‑ATGGCCGGGCTGGCCCACGGCACGCGGGTGTGCTGCCTGCCACGCTCCACC‑AACCCTGTGCGTACCGGGTGGGGTGGCCTCCTGGCCGCGCCGCTCGATTCCCGGCATCGCCCTTGCAACTTCGTGgcgccc > 2:383228/1‑147 (MQ=255) aGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAg > 7:17136/1‑149 (MQ=255) ccagcgTGCCGTTGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAg > 1:236247/4‑148 (MQ=38) tCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgca < 8:376628/149‑1 (MQ=255) gcgTGCCGTTGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgcagg > 1:284604/1‑149 (MQ=255) tgccgttGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgc > 4:422232/6‑143 (MQ=255) tgccgttGGCCAGCCCGGCCAA‑GGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgc < 3:422232/138‑1 (MQ=255) gccgttGGCCAGCCCGGCCAAGGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAgcaggcag > 1:149421/5‑149 (MQ=255) cc‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGc < 8:240742/148‑1 (MQ=255) cc‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCg > 1:282811/1‑149 (MQ=255) cgttGGCCAGCCCGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCg > 8:237891/3‑149 (MQ=255) c‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCgg < 1:273811/149‑1 (MQ=255) gCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtg < 2:261503/149‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtgt < 2:316244/149‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCtgt < 1:204767/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGccgggcct < 6:363824/149‑7 (MQ=255) cTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAg < 5:416974/149‑1 (MQ=255) | GTACCGGGTTTACTGGTCGCGACAGCACCCCCGAGGCGGTGGCCTGCCTGCTGGACAAGCAAGTAGACGGCTTTGGTGAGCTGTTCCGGCAGATTTCCGTGGCCGACATTGGCACCTCCACCGTGCAGTCGCGTGCC‑TTGGCCGGGCTGGCCAACGGCACGCTGGTGTGCTGCCTGCCAGGCTCCACC‑AACGCTGTGCGTACCGGTTGGGATGGCATCCTGGCCGAGCAGCTCGATGCCCGTCATCGCCCTTGCAACTTCGTGGCGCACCTGAAGCAGGCAGCGGCCTGTGACAG > NC_002947/2421425‑2421719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |