| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,467,909 | A→G | 6.6% | S267G (AGC→GGC) | queF → | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,467,909 | 0 | A | G | 6.6% | 262.7 / 6.2 | 91 | S267G (AGC→GGC) | queF | NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/41); new base G (3/3); total (47/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CCAGCATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATT > NC_002947/2467761‑2468057 | ccAGCATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCa < 1:324737/149‑1 (MQ=255) cAGCATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAg > 6:161074/1‑149 (MQ=255) aGCATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGc > 4:255534/1‑149 (MQ=255) cATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGccc < 5:297092/149‑1 (MQ=255) aTGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCg > 7:73916/1‑149 (MQ=255) ccGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCTGATCGGCCCggtg < 1:209837/149‑3 (MQ=255) ccGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCTGATCGGCCCggtg < 5:340691/149‑3 (MQ=255) cGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATa < 6:158720/149‑1 (MQ=255) cGACGTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGAt > 8:177450/1‑148 (MQ=255) ttCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCTGATCGGCCCggt < 2:93458/143‑2 (MQ=255) ttCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCTGATCGGCCCggt > 1:93458/1‑142 (MQ=255) ttCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACa > 7:321594/1‑148 (MQ=255) ccATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAAc > 4:314446/1‑149 (MQ=255) cAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATATGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGt > 2:338771/1‑149 (MQ=255) gtgtgtGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGGTAACAAACGGCTGGTcc > 2:115251/1‑149 (MQ=255) tgtgGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCgg < 8:156061/148‑1 (MQ=255) tgtgGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCgg < 3:314446/148‑1 (MQ=255) tgGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCa < 1:389006/148‑1 (MQ=255) 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aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAggggg < 2:27629/138‑1 (MQ=255) aagaaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAggggg > 1:27629/1‑138 (MQ=255) aaTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATAGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGCTCCCGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGccc > 5:54531/1‑149 (MQ=255) aTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGcccc < 8:14873/149‑1 (MQ=255) aTCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCCTATCGCAGCACCGCGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTCGTGCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCATTGCGGcccc > 2:426223/1‑149 (MQ=255) ctgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCTATCAGCCCGTATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCg < 1:190831/146‑1 (MQ=255) ctgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCg < 3:270319/146‑1 (MQ=255) ctgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGc < 1:385819/147‑1 (MQ=255) tgcAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACTGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAt < 8:73916/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGAGCACGTGAGGTTTTTTGCGCGCTTTGTGCGCGGGGGTGGGCTGGACATATAGCCTTATCGCAGCTCGGGGCCTATCAGCCCGTATAACAATGGGCTGGTCGGGCAGTATTACTGGGGGCCGTTTTGCGGCCCCCGCTAttt < 6:54531/149‑1 (MQ=255) cAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCGGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTAt < 6:373275/147‑1 (MQ=255) 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ttatccGGGCTGATCGGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGcc > 5:248662/5‑149 (MQ=255) tccGGGCTGATCGGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTc > 7:117177/2‑148 (MQ=255) aCCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCGGGCAGTAATACAGGGGGCCTCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTTTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCg < 5:111917/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCg < 4:376006/149‑1 (MQ=255) cGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCg > 2:348998/1‑147 (MQ=255) cGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCg > 8:271128/1‑147 (MQ=255) cGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGaa < 1:391555/149‑1 (MQ=255) ggCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAgc > 5:433902/1‑149 (MQ=255) aGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGAtt < 5:290504/149‑1 (MQ=255) aGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGAtt > 2:222619/1‑149 (MQ=255) aGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGAtt < 1:222619/149‑1 (MQ=255) | CCAGCATGCCGACTTCCATGAGCAGTGTGTGGAGCGGATTTACCTGGACTTGAAGAATCTGCTGCAGCCGGAGCACCTGACGGTCTATGCGCGCTATGTGCGCCGCGGTGGGCTGGACATCAACCCGTATCGCAGCACCGGGCCGATCAGCCCGGATAACAAACGGCTGGTCCGGCAGTAATACAGGGGGCCGCTTTGCGGCCCCCGCTATTTCAGATCCCCATGCTGTGCAGCGAGTTGGCAATGCTGCGCAGGGTGGCAGTGAGGTCGGGGTGGTCGGCCTCGAAGCGCTCGATT > NC_002947/2467761‑2468057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |