Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,118,002 | T→C | 10.2% | T194A (ACC→GCC) | cfa ← | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,118,002 | 0 | T | C | 10.2% | 98.5 / 2.7 | 39 | T194A (ACC→GCC) | cfa | cyclopropane‑fatty‑acyl‑phospholipid synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/17); new base C (2/2); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
ATCATCTCGATCGAAACCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTGGGCCTGCTCCAGTGTTTGCCC > NC_002947/3117857‑3118149 | atcatcTCGATCGAAACCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGAc < 7:342625/149‑1 (MQ=255) tctcGATCGAAACCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTg > 1:263113/1‑149 (MQ=255) aaaCCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTaa > 6:330863/1‑149 (MQ=255) aaaCCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGACGTaa > 5:312246/1‑149 (MQ=255) cGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTg < 1:319039/143‑1 (MQ=255) cGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTg > 2:319039/1‑143 (MQ=255) cGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCg > 1:175581/1‑149 (MQ=255) gCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAg > 1:340396/1‑149 (MQ=255) ttGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAga > 6:194382/1‑146 (MQ=255) ggTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAg > 2:392058/1‑149 (MQ=255) gTAGTCATCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTAGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCCTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGCCTGCCCCAGc > 1:252800/1‑149 (MQ=255) tCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCt < 4:136137/149‑1 (MQ=255) cTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCcagc < 6:429129/149‑1 (MQ=255) cacaCGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGt < 5:330863/149‑1 (MQ=255) acGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCACAAGCCGCTGCCAATTTCCAGAAGGTGAt > 4:110201/1‑149 (MQ=255) ccccagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGATCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCa < 5:137783/148‑1 (MQ=255) cccagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTcc < 4:58564/132‑1 (MQ=255) cccagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTcc > 3:58564/1‑132 (MQ=255) cccagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCa > 7:247284/1‑147 (MQ=255) cccagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCa < 8:247284/147‑1 (MQ=255) cagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGc > 4:13487/1‑116 (MQ=255) cagccccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGc < 3:13487/116‑1 (MQ=255) ccaAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGt < 2:45932/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGa < 8:110597/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGa < 5:67775/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTg > 2:32995/1‑126 (MQ=255) cTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTg < 1:32995/126‑1 (MQ=255) cgcgCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGGCGTAACTGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCATCCGCTGCGAATTTCCATCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTgg < 6:312246/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTgg < 6:89677/149‑1 (MQ=255) gcTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTgg > 7:191978/1‑146 (MQ=255) ggTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGCGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCt > 6:324809/1‑149 (MQ=255) ggTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGCGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCt > 6:330739/1‑149 (MQ=255) tACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTTGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTtgtg > 4:244658/1‑149 (MQ=255) tACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTtg < 3:110201/147‑1 (MQ=255) tGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTc < 3:72390/137‑1 (MQ=255) tGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTc > 4:72390/1‑137 (MQ=255) cTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTggg > 8:67347/1‑149 (MQ=255) cTCGGAGAGCGTCGTGGTGGCGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTggg < 5:330739/149‑1 (MQ=255) cTCGGAGAGCGTCGTGGTGGCGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTggg < 5:324809/149‑1 (MQ=255) tggtgACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTGGGCCTGCTCCAGTGTTTGc > 1:26448/1‑149 (MQ=255) gtgACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTGGGCCTGCTCCAGTGTTTGccc > 2:200327/1‑149 (MQ=255) | ATCATCTCGATCGAAACCAGTTTGTCGAACGTGCCTTGAAGGTCGCGGTAGTCTTCGCGGAGCACTTGCACACGCTGCCCCAGCCCCAAGGCCTTGACGCGCTCCAGGGTATGGCTGTACTGCGCCTCGGAGAGCGTCGTGGTGGTGACCCTGCAGCCGTAACGGGTGGCTGCGTGGATAGCGAGGCTGCCCCAGCCGCTGCCAATTTCCAGCAGGTGATCGTCAGGGCTCAGTTCGAGCTTCTGGCAGATGCGCTCCAGCTTGTGCAACTGGGCCTGCTCCAGTGTTTGCCC > NC_002947/3117857‑3118149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |