Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,190,727 | C→T | 7.3% | intergenic (‑78/+18) | PP_2799 ← / ← PP_2800 | class III aminotransferase/diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,190,727 | 0 | C | T | 7.3% | 158.4 / 2.7 | 55 | intergenic (‑78/+18) | PP_2799/PP_2800 | class III aminotransferase/diaminobutyrate‑2‑oxoglutarate transaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/23); new base T (2/2); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
GGGCCAGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAG > NC_002947/3190580‑3190873 | gggCCAGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCa > 2:2984/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCa > 5:120520/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGc > 2:356733/1‑149 (MQ=255) aGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGTACGCCt > 3:179966/1‑149 (MQ=255) aGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCt < 7:307326/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTg < 4:319937/148‑1 (MQ=255) gtgtTGGTATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTGCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGAcc < 7:100509/148‑1 (MQ=255) gtTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTg > 5:150859/1‑149 (MQ=255) gggATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAg > 8:365708/1‑149 (MQ=255) gATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGt > 6:396655/1‑148 (MQ=255) atgaatgaGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTa > 2:324922/1‑149 (MQ=255) tgaatgaGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTAc < 5:396655/149‑1 (MQ=255) atgaGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTgg > 5:387952/1‑149 (MQ=255) atgaGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGGGGGGGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTgg < 3:317244/149‑1 (MQ=255) tgaGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGc > 8:307448/1‑149 (MQ=255) gTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGaa < 6:120520/149‑1 (MQ=255) ggccgccAGATCGTGCTGAAGGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGGTCATGTTGCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGaa < 7:84909/147‑1 (MQ=255) gTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGTACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGAc > 5:380568/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGTACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGc < 4:179966/146‑1 (MQ=255) gTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGATCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGcc > 7:113650/1‑148 (MQ=255) ttGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGaa < 5:251670/125‑1 (MQ=255) ttGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGaa > 6:251670/1‑125 (MQ=255) aaGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAg < 2:118823/148‑1 (MQ=255) gTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGtt > 4:395634/1‑149 (MQ=255) tGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGTACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTc < 6:380568/149‑1 (MQ=255) gCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCg < 6:387952/148‑1 (MQ=255) cATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCt > 7:99364/1‑149 (MQ=255) tCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTggtcg > 1:259532/1‑149 (MQ=255) cTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTggtcggt > 1:319993/1‑149 (MQ=255) tCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGtcggtcgg > 8:370274/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCgggg > 6:54137/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg < 3:395634/148‑1 (MQ=255) gCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg < 1:324922/148‑1 (MQ=255) gCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg < 6:150859/148‑1 (MQ=255) gCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg < 7:365708/148‑1 (MQ=255) aGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGgtg > 4:384338/1‑149 (MQ=255) ggTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACcgg > 2:223592/1‑149 (MQ=255) ggTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACcgg > 7:378199/1‑149 (MQ=255) gCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCggcggc < 8:148580/149‑1 (MQ=255) cccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCa > 3:315335/1‑149 (MQ=255) ccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg < 5:307172/132‑1 (MQ=255) ccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCggg > 6:307172/1‑132 (MQ=255) ccGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCAt > 1:288133/1‑149 (MQ=255) ggTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTCTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCt < 7:307448/149‑1 (MQ=255) gTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTtg > 2:107150/1‑142 (MQ=255) gTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTtg < 1:107150/142‑1 (MQ=255) gTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGAttt < 3:91733/149‑1 (MQ=255) gcgcCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCAtt > 2:356854/1‑149 (MQ=255) gcgcCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCAtt < 7:143087/149‑1 (MQ=255) gcCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCg > 1:355300/1‑149 (MQ=255) cAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGATCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGc < 8:113650/149‑1 (MQ=255) cGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCg > 6:399023/1‑149 (MQ=255) cTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGt < 2:319993/149‑1 (MQ=255) gTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCa > 3:123605/1‑149 (MQ=255) tGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAg < 2:259532/149‑1 (MQ=255) | GGGCCAGGTTGGTGTTGGGATGAATGAGTGCCGCCAGATCGTTCTGAACGGTTGAAGAGTGGGTGCTCATTGGCTCATGTTCCTGTCGCAGGGCGAGGGTTGCCCGCAGGTGAGCAGGTGGCGTGCGCCCAGTGTCCGCTCCGGGTGCACGCCTGGACCCTGCAGTTACTGGCGAAGCGCTGCCGCGACCGCCTCGCCGAAGGCGTTCAGGCCCTGTTCGAGCTGGTCGGTCGGGGTGTTCACCGGCGGCATCAGCTTGATGATTTCGCCATTCGGGCCGCAGCGGTCGACCAG > NC_002947/3190580‑3190873 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |