| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,540,955 | T→C | 5.9% | L23P (CTG→CCG) | PP_3128 → | exopolysaccharide biosynthesis/transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,540,955 | 0 | T | C | 5.9% | 201.5 / 2.3 | 70 | L23P (CTG→CCG) | PP_3128 | exopolysaccharide biosynthesis/transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/28); new base C (2/2); total (39/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
GCTGGTGCACGTGTTCTACATGCCACTGGATGTGCTGTTGTAAAAAGTCATGTCTCGGTTTGTATAGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTACCGCTGCGTGCAGACCACCTGGAGCGTAACCGCATCGTGGCGTACAACAAGAACTCCAACATGAACGGGCCGATC > NC_002947/3540810‑3541100 | gCTGGTGCACGTGTTCTACATGCCACTGGATGTGCTGTTGTAAAAAGTCATGTCTCGGTTTGTATAGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGt > 7:303999/1‑148 (MQ=255) tGGTGCACGTGTTCTACATGCCACTGGATGTGCTGTTGTAAAAAGTCATGTCTCGGTTTGTATAGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGtctc < 8:303999/149‑1 (MQ=255) gCACGTGTTCTACATGCCACTGGATGTGCTGTTGTAAAAAGTCATGTCTCGGTTTGTATAGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGc > 4:28510/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ataGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAgg < 1:246167/148‑1 (MQ=255) taGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCTGGTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAggt > 1:71419/1‑149 (MQ=255) ggAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTa > 6:407784/1‑149 (MQ=255) ggAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTa > 3:162873/1‑149 (MQ=255) cAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCgg < 6:416696/111‑1 (MQ=255) cAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCgg < 6:237888/111‑1 (MQ=255) 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cccAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTACCGCTGCGTGCAGACCACCTGGAGCGTAACCGCATCGTGGCGTACAACAAGAACTCCAACATGAACgg < 6:357371/148‑1 (MQ=255) ctcTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTACCGCTGCGTGCAGACCACCTGGAGCGTAACCGCATCGTGGCGTACAACAAGAACTCCAACATGAACGGGCCGATc < 4:289260/147‑1 (MQ=255) | GCTGGTGCACGTGTTCTACATGCCACTGGATGTGCTGTTGTAAAAAGTCATGTCTCGGTTTGTATAGGGAAAGCAGTGATGGACAGGATCAAGCCGGCT‑GTTGGCAACAATATTCATCAGGTTACCCCAGGTACTCCCCAGGCACTGTCTCCCGCCCCCGGTACGGCGCTGGCCGAAGTGCCGGGTCAGTTCGATTACGTGAACACCAAGGTGGTACCGCTGCGTGCAGACCACCTGGAGCGTAACCGCATCGTGGCGTACAACAAGAACTCCAACATGAACGGGCCGATC > NC_002947/3540810‑3541100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |