| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,893,484 | G→C | 6.9% | G283A (GGC→GCC) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,893,484 | 0 | G | C | 6.9% | 281.6 / 8.0 | 87 | G283A (GGC→GCC) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base C (4/2); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAG > NC_002947/3893337‑3893625 | tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGc > 2:393440/1‑149 (MQ=255)tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGc > 8:110977/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAg < 2:115584/148‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGc < 2:303693/148‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc > 4:362427/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTCGGCATTCTCATCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc < 7:185545/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAcc < 1:426678/149‑1 (MQ=255) tGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTg > 1:99564/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTTCTTCTGGTTTGCGTGGCGTTGCTTCTGGGCGAAAACATCGGGCCGGATCAGTGGTCTTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCt < 1:348361/148‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTg < 5:85644/147‑1 (MQ=255) ccTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGt > 3:249595/1‑148 (MQ=255) aGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCg > 8:166003/1‑149 (MQ=255) cTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCCCCTGCTA‑CGTCAGCGTCGcc > 6:303821/1‑149 (MQ=255) cTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGcc > 8:139320/1‑149 (MQ=255) aCGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGATGGGCTAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATATGGGCCGCAGTACTGCTGCTGTTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGt > 4:12605/1‑149 (MQ=255) gTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGTCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTc < 6:23728/149‑1 (MQ=255) tCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCg < 2:99564/149‑1 (MQ=255) tCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCg > 6:30070/1‑149 (MQ=255) 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ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAAcc > 2:263315/1‑149 (MQ=255) ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAAc < 1:220567/148‑1 (MQ=255) gTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTgg < 1:317247/149‑1 (MQ=255) gTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTg < 7:125983/148‑1 (MQ=255) tAGGCGTTGCTTTGCTGCTGGGCGAAACCTTCGGCCCGTATCAGTTG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGTGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCGGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGc < 2:48840/149‑1 (MQ=255) gtTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCg < 7:139320/149‑1 (MQ=255) ctgctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGctct > 4:5446/1‑149 (MQ=255) tgctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCtt > 3:231118/1‑149 (MQ=255) ctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTc > 6:152765/1‑148 (MQ=255) ctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCa < 4:208340/149‑1 (MQ=255) 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gtgctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCa < 1:278889/147‑1 (MQ=255) gtgctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAg < 5:152765/148‑1 (MQ=255) gctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACCGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGc > 1:225663/1‑148 (MQ=255) ctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGc > 7:273205/1‑146 (MQ=255) ctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGGCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAg < 5:30070/149‑1 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCg > 7:331948/1‑117 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCg < 8:331948/117‑1 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAg > 2:7177/1‑141 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAg < 1:7177/141‑1 (MQ=255) | TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAG > NC_002947/3893337‑3893625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |