| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,893,486 | T→C | 7.0% | F284L (TTC→CTC) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,893,486 | 0 | T | C | 7.0% | 239.8 / 6.5 | 85 | F284L (TTC→CTC) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/40); new base C (4/2); total (43/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
CAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCACC > NC_002947/3893344‑3893634 | cAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAg < 2:115584/148‑1 (MQ=255) aGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGc < 2:303693/148‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc > 4:362427/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTCGGCATTCTCATCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAc < 7:185545/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAcc < 1:426678/149‑1 (MQ=255) tGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTg > 1:99564/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTTCTTCTGGTTTGCGTGGCGTTGCTTCTGGGCGAAAACATCGGGCCGGATCAGTGGTCTTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCt < 1:348361/148‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTg < 5:85644/147‑1 (MQ=255) ccTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGt > 3:249595/1‑148 (MQ=255) aGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCg > 8:166003/1‑149 (MQ=255) cTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCCCCTGCTA‑CGTCAGCGTCGcc > 6:303821/1‑149 (MQ=255) cTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGcc > 8:139320/1‑149 (MQ=255) aCGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGATGGGCTAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATATGGGCCGCAGTACTGCTGCTGTTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGt > 4:12605/1‑149 (MQ=255) 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ccGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTaa < 1:393440/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGc > 3:159538/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTACTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGc < 1:32423/149‑1 (MQ=255) ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAAcc > 2:263315/1‑149 (MQ=255) ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAAc < 1:220567/148‑1 (MQ=255) gTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTgg < 1:317247/149‑1 (MQ=255) gTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTg < 7:125983/148‑1 (MQ=255) tAGGCGTTGCTTTGCTGCTGGGCGAAACCTTCGGCCCGTATCAGTTG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGTGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCGGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGc < 2:48840/149‑1 (MQ=255) gtTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCg < 7:139320/149‑1 (MQ=255) ctgctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGctct > 4:5446/1‑149 (MQ=255) tgctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCtt > 3:231118/1‑149 (MQ=255) ctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTc > 6:152765/1‑148 (MQ=255) ctgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCa < 4:208340/149‑1 (MQ=255) tgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTaa > 6:232825/1‑119 (MQ=255) tgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTaa < 5:232825/119‑1 (MQ=255) tgGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCaa > 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tCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACgg > 3:423378/1‑149 (MQ=255) gCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCg > 3:74258/1‑126 (MQ=255) gCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCg < 4:74258/126‑1 (MQ=255) gCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCa < 2:236900/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCtt > 8:236951/1‑125 (MQ=255) aTCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCtt < 7:236951/125‑1 (MQ=255) tCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATc > 2:278889/1‑147 (MQ=255) aGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAg < 7:116576/148‑1 (MQ=255) aGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAg < 5:303821/148‑1 (MQ=255) gTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAg < 1:205465/147‑1 (MQ=255) gTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAg > 2:205465/1‑147 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGctc > 3:20968/1‑100 (MQ=255) ggCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCAcc < 3:5446/146‑1 (MQ=255) ggCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCg < 7:166003/147‑1 (MQ=255) ggCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGa < 4:249595/148‑1 (MQ=255) gCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATc > 2:36135/1‑149 (MQ=255) aGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCgg < 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ctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGc > 7:273205/1‑146 (MQ=255) ctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGGCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAg < 5:30070/149‑1 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCg > 7:331948/1‑117 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCg < 8:331948/117‑1 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAg > 2:7177/1‑141 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAg < 1:7177/141‑1 (MQ=255) ttCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCa > 6:417643/1‑135 (MQ=255) ttCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCAcc > 1:278420/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCCTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCa < 5:417643/135‑1 (MQ=255) ttCAAGAAACTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCTTTCGTTGTAAGCCGAACCTGGCGTAACCGTCGCTCTTCAACAGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCAc > 5:167473/1‑148 (MQ=255) | CAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGG‑C‑TGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTA‑CGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCACC > NC_002947/3893344‑3893634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |