Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,147,929 | G→T | 7.8% | G671V (GGC→GTC) | PP_3651 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,147,929 | 0 | G | T | 7.8% | 161.6 / 3.9 | 51 | G671V (GGC→GTC) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/27); new base T (2/2); total (22/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 |
GGGCAGTTTCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTCGGCAGAACAGGTGTGCCAG > NC_002947/4147783‑4148074 | gggCAGTTTCACAGCTCAGCTGCTCGAGGACCACGGCATACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGc > 1:77812/1‑149 (MQ=255) ggCAGTTTCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCtt < 2:67241/149‑1 (MQ=255) ggCAGTTTCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCtt < 8:218972/149‑1 (MQ=255) gCAGTTTCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTg < 5:296912/149‑1 (MQ=255) tttCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCAc > 4:16844/1‑149 (MQ=255) ctcGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTcg > 3:360643/1‑149 (MQ=255) tcGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTcgc > 6:160059/1‑149 (MQ=255) gAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTcgccg > 4:322198/1‑149 (MQ=255) aGGACCACTGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTAGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCAGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTcgccgc < 4:218135/149‑1 (MQ=255) aGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTcgccgc > 7:116736/1‑149 (MQ=255) ccACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAgc < 8:151159/149‑1 (MQ=255) cACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTgg < 6:113512/116‑1 (MQ=255) cACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTgg > 5:113512/1‑116 (MQ=255) cGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCAGGTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAgcgc > 1:102842/1‑149 (MQ=255) ggC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGATTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGccc > 3:390593/1‑149 (MQ=255) c‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGc < 8:18501/149‑1 (MQ=255) aaaTCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTg > 3:332072/1‑149 (MQ=255) aaTCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTGTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGc < 6:145343/149‑1 (MQ=255) cAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGTCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCgg > 7:46342/1‑149 (MQ=255) cAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGTCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCgg > 7:53034/1‑149 (MQ=255) aGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGt < 3:143492/149‑1 (MQ=255) tATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAgc < 2:425375/130‑1 (MQ=255) tATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAgc > 1:425375/1‑130 (MQ=255) aCGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGa > 3:346341/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACt > 4:362594/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACt < 8:116736/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTc > 8:329005/1‑149 (MQ=255) ggCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCgg < 8:241398/149‑1 (MQ=255) ggCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCgg < 4:325343/149‑1 (MQ=255) gCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCggg < 8:395351/149‑1 (MQ=255) gCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCggg < 3:362594/149‑1 (MQ=255) gCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCggg > 6:231050/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGa < 4:346341/149‑1 (MQ=255) gcgcA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGAt < 1:232994/149‑1 (MQ=255) gcA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGTTTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTg < 3:168380/149‑1 (MQ=255) cA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGc < 2:102842/149‑1 (MQ=255) ggCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCg < 4:390593/148‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGTCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCgg < 8:46342/148‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGTCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCgg < 8:53034/148‑1 (MQ=255) tttGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCAc > 6:156475/1‑149 (MQ=255) tttGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCAc > 3:119239/1‑149 (MQ=255) ttGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCAc < 5:156475/148‑1 (MQ=255) tGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACGAAGGGTTCACCTTcc > 2:341809/1‑149 (MQ=255) tGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTcc < 5:160059/149‑1 (MQ=255) cAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTg < 6:170637/149‑1 (MQ=255) cAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTg < 3:322198/149‑1 (MQ=255) aGTGTTATCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTgg < 2:383939/149‑1 (MQ=255) ttCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCCCCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCaaa < 4:332072/148‑1 (MQ=255) tgGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTc < 2:77812/148‑1 (MQ=255) ggTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTCGGCAGAACAGGTGTGc > 5:2026/1‑147 (MQ=255) ggTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTCGGCAGAACAGGTGTGc > 5:137899/1‑147 (MQ=255) ggTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCACTTGACGGTGATCCTGACTTCGGGCTAGAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGACAAACCATACTCGGCAGAAAAGGTTTGc > 8:214795/1‑147 (MQ=255) gTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTCGGCAGAACAGGTGTGCCAg < 7:329005/149‑1 (MQ=255) | GGGCAGTTTCACAGCTCAGCTCCTCGAGGACCACGGC‑TACCAAATCAGCTATGCACGGTCGGCAGAAGAAGCGCTGGCGCA‑GTTGACTGGCCCGGCAGGTGATTTTGATGCAGTGTTTTCCGATGTGGTCATGCCCGGCATGGGTGGCTTGGCACTGGCCCGCGAACTTCGCCGCCAGCGCCCGCAGTTGCCGGTGATCCTGACTTCGGGCTATAGCGAGGCGATTGCCGAAGGCGGGCACCAAGGGTTCACCTTCCTGGCCAAACCCTACTCGGCAGAACAGGTGTGCCAG > NC_002947/4147783‑4148074 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |