| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 96.0% | 80.0 / ‑2.7 | 25 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (6/18); total (7/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
GGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585911‑4586197 | ggCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGA‑c < 2:5423/148‑1 (MQ=255) aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGcc < 2:278646/148‑1 (MQ=39) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCgg < 7:135871/148‑1 (MQ=39) gTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGc < 4:27868/148‑1 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATGGAAAGGTTGAGGATGACAGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCt < 8:64871/147‑1 (MQ=38) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAAt < 4:122778/148‑1 (MQ=39) cACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATgcg < 6:174495/147‑1 (MQ=39) aCCGGCGTGAACAGCTGAGCTGCGCTTCTCCATTGAAAGGGTGAGGATGACCGGGTGCTCGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATgcggc < 8:142781/148‑1 (MQ=37) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGTCCTTGAATGCGGCGCTGcc < 2:81656/148‑1 (MQ=38) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAA‑ACCGCTACTACCA‑GGGACCCTGCCGGCCGTTAATGCGGCGCAGccc > 3:91784/1‑146 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 1:77650/148‑1 (MQ=255) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCCCACCAACCAGGGGC‑CCTGCCCGCCGTGAATGCGGCGCGGGCCCGGGTAGGa > 6:61134/1‑147 (MQ=255) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCCCAACTAACA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATTCGGCGCTGACCCTGGTAGGa > 6:161974/1‑147 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 2:257169/145‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 7:51065/148‑1 (MQ=38) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCg < 5:265885/144‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTa < 3:178805/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 3:252869/148‑1 (MQ=38) tCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 5:318482/147‑1 (MQ=38) cgggTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCa > 2:211858/3‑148 (MQ=255) cgggTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGCTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCCACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCa > 8:248000/3‑148 (MQ=255) ccGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCg > 6:153218/1‑143 (MQ=255) ccGCTCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCg < 5:153218/143‑1 (MQ=255) tCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCACAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt < 4:107931/144‑1 (MQ=255) tCCTACCA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGAGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCACAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACt > 3:107931/1‑144 (MQ=255) cA‑GGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTTCACCtt < 1:211858/148‑1 (MQ=255) | GGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAA‑CCCGCTCCTACCA‑GGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585911‑4586197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |