| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 96.7% | 99.4 / ‑3.3 | 30 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (17/12); total (17/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCG > NC_002947/1419401‑1419685 | cgggCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g < 1:312220/146‑1 (MQ=255) ggCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 5:136640/1‑147 (MQ=255) ggggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTTGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct < 5:189084/147‑5 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCggg < 7:241390/147‑1 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCgg > 6:16699/1‑146 (MQ=255) gggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCa > 6:84955/1‑147 (MQ=255) gTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACg < 5:16699/147‑1 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 5:278782/147‑1 (MQ=255) cGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 5:86743/147‑1 (MQ=255) 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cTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGGGGTGACCCTGTgg > 4:68435/1‑146 (MQ=255) cTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTCTTTTGTTTCCCTGGATTATGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAATTTTAACTGCGTCACGGATGTGGTGACCCTGAgg > 2:192956/1‑146 (MQ=37) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCg > 8:247782/1‑148 (MQ=255) cTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg < 6:2956/113‑1 (MQ=255) gtggtgGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTg > 5:94500/1‑147 (MQ=255) ggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGcc < 6:94500/147‑1 (MQ=255) ggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgcg < 5:90381/147‑1 (MQ=255) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCACTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTAGCGGGCACGCCCGCTAGCAAATGTACTTTGCAGTGCGTGAAGGGTTTGGTTTAGCTGTTGGAGCGGGCGTTCCAGCGAAGAGGGCTGAc > 5:307516/1‑147 (MQ=255) tCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTg > 6:159411/1‑147 (MQ=255) cGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGGACGCCCGCTCCCACAGGTTCTGTGGAGTGCGTGACGGCTGGGGTGTCCCGGTTGGTGCGGGCGTGGCCGCGCAGAGGCCTGAccag > 5:184758/1‑144 (MQ=255) gCATGGTTTTGTTTCCCTGGATTGTGGGTGGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGGGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTACTGTGCAGTGCGTGAGGGCTGTGGTGACCCTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCa < 3:68435/148‑1 (MQ=37) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGACTGTGCAGTGCGTGCCGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGGGTGGCCGCGAAGCGGCCTGCCCTGCTAATGCaa > 6:160910/1‑147 (MQ=37) ttgttttgttTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTTCTGTGCAGTGGGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAgg > 7:119944/1‑148 (MQ=38) gttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCCCCCCCCCGCCCCCCCGGACTGGGGAGAGGGTGGCGGGGGTGGGGACCCGGTGGGGGCGGGGGTGCCCGCGGAGACGCCGGACCAGCTAAAGCaacgcg > 4:169377/1‑144 (MQ=255) tttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGgtg > 5:155682/1‑146 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtg < 7:247782/148‑1 (MQ=255) ggatggtGGGTGGCCTGGGGTGCC‑CTTTTCGGGGGCAGGCCGGCTCCCACTGGTACTGTGCTGTGCGGGAGGGCTGTGGTCACCCTGGGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgtg < 5:185707/141‑1 (MQ=255) tCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCGGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCGCTGTGGGTa > 8:235048/1‑147 (MQ=255) cTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGGGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCg > 2:262929/1‑147 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCG > NC_002947/1419401‑1419685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |