Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,741,229 | A→C | intergenic (+466/+287) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,741,229 | 0 | A | C | 93.1% | 90.1 / ‑0.5 | 29 | intergenic (+466/+287) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base C (14/13); total (14/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.39e-01 |
CGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACC‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCA > NC_002947/4741124‑4741358 | aggctcctTGATGTTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTACAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCAGAGGcccc < 8:78790/144‑1 (MQ=255) cctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCgga < 4:184451/148‑3 (MQ=255) cctcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCgga > 3:184451/1‑146 (MQ=255) gTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcct < 3:146502/148‑2 (MQ=255) tAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctcctgcag > 7:125997/1‑143 (MQ=255) cagcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGcgcctc > 3:218558/1‑145 (MQ=255) cggcgTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAgcggc > 2:289073/1‑148 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGa > 5:325546/1‑147 (MQ=255) ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 7:175817/148‑1 (MQ=255) ggCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca > 7:223028/1‑148 (MQ=255) gCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcac < 1:83158/148‑1 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc < 4:218558/148‑1 (MQ=255) gAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgcc > 5:223998/1‑146 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 4:160248/148‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:36282/148‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCt > 1:49490/1‑148 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTTCGACTTCCATTCGTGAATCAAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TTGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 3:200424/148‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg < 4:10943/144‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg > 3:10943/1‑144 (MQ=255) taGGTCCAGCGCTGCTCACCTTCGTCCTTGAGCAGCTTCTGCGACATGCAA‑TCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACTCCGCGATAGGCCt < 8:253866/145‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGcgcct < 4:201997/96‑2 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGcgcct > 3:201997/1‑95 (MQ=255) gTCCATCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg < 1:63111/140‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc > 2:63111/1‑139 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGAGTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa < 8:125997/148‑1 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc > 1:225365/1‑148 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 4:272927/1‑148 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa > 1:154504/1‑148 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCT‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 8:223028/148‑1 (MQ=255) | CGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACC‑TGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCA > NC_002947/4741124‑4741358 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |