| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 92.5% | 123.8 / 3.2 | 40 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (16/21); total (18/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAA‑‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGC > NC_002947/1126514‑1126782 | gatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTCACCCG‑‑‑AATGGG‑‑‑‑‑‑GAGGGATAGCCCACCA‑AGCCATAG‑CGGGG‑AAAC‑C‑CGCGCCAACACagag > 4:21231/1‑149 (MQ=255)gatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCG‑‑‑AAAGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAT‑CCCCCAAAGCCATAG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CCCTCCTACACagag > 2:296120/1‑149 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGCACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTCACCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCT‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGTT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa < 1:149239/149‑1 (MQ=39) 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(MQ=255) gcgGGTTTACCCGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgg > 2:271129/1‑149 (MQ=255) gcgGGTTTACCCGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgg > 1:344104/1‑149 (MQ=255) tttACCCGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 1:215141/149‑1 (MQ=255) ccGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGGCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc > 2:284306/1‑149 (MQ=255) g‑‑‑‑‑‑gAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCg < 1:206016/90‑1 (MQ=255) g‑‑‑‑‑‑gAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCg > 2:206016/1‑90 (MQ=255) g‑‑‑‑‑‑gAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg < 6:155538/132‑1 (MQ=255) g‑‑‑‑‑‑gAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg > 5:155538/1‑132 (MQ=255) gTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGGACTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc > 1:295333/1‑148 (MQ=255) ataG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAc > 5:328500/1‑149 (MQ=255) taG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAAC‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAcc > 7:253781/1‑149 (MQ=255) 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GATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCG‑‑‑AATGCG‑‑‑‑‑‑GAGGTATAG‑CCACCATCGCATTCG‑CGGGT‑AAA‑‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGC > NC_002947/1126514‑1126782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |