| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,195,578 | Δ1 bp | 11.1% | coding (489/1185 nt) | dhaT ← | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,195,578 | 0 | G | . | 11.1% | 103.2 / 8.2 | 36 | coding (489/1185 nt) | dhaT | 1,3‑propanediol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/16); new base . (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
AGGCTTCGATGGCATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGAT > NC_002947/3195436‑3195724 | aGGCTTCGATGGCATTGGGCATGGCATCCATGCCGGGTGCGGCTGCAATCGTCGGCGGCAGCGGGGCGGTTAAATGGGAGTCGACCAATGCCACCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCg < 2:21031/149‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTg < 8:3643/149‑1 (MQ=255) ttCGATGGCATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGa > 2:213085/1‑149 (MQ=255) cGATGGCATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGa < 1:213085/147‑1 (MQ=255) cATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACCGCGGCAGCGAGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCCATGCGATAGACAACCACGTTCAGATTGCAGTTGCGAGA‑GCTGTCGGAGATAAca > 4:209007/1‑145 (MQ=255) ggCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTc > 7:284595/1‑148 (MQ=255) ggCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCa > 4:313905/1‑149 (MQ=255) cATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑‑GTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACtt > 1:315433/1‑149 (MQ=255) cATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑‑GTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACtt > 1:320340/1‑149 (MQ=255) cATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGGCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTc < 8:47506/147‑1 (MQ=255) ggTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCACTGCCAGCACCGGGCCGAGGCGATAGTCCAGCACGTTCAGTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTAGGTGAGCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCtgccgg > 8:222837/1‑149 (MQ=255) ggCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCtgccggtgccgg > 6:60234/1‑149 (MQ=255) cTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTgccggcc < 3:124316/149‑1 (MQ=255) tGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTgccggccg > 4:296370/1‑149 (MQ=255) cAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGt < 6:258758/148‑1 (MQ=255) cggcAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATgg < 3:313905/149‑1 (MQ=255) gcAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGc > 6:155963/1‑148 (MQ=255) tCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGAACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGACGGACTTGGTCGGGATGGGGTCGATggg > 8:301764/1‑149 (MQ=255) atatGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGAt < 2:285038/149‑1 (MQ=255) gAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGt > 4:296628/1‑147 (MQ=255) gCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGc < 8:284595/149‑1 (MQ=255) gCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGc < 5:60234/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑‑GTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAAc < 2:320340/148‑1 (MQ=255) ccAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑‑GTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAAc < 2:315433/148‑1 (MQ=255) ccAGCAACTGGCCGATGCTATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GTGGTCGGTGATCAACGATAAGCAGTTCACTTCGCTGCCGTTGCCGTGCGTGGTCTGGATGGCGTCGATTGGCGGGATGGAATGGGTAAGCGTGaa < 6:125532/148‑1 (MQ=255) cAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGCGGGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAAc > 1:80493/1‑149 (MQ=255) gggCAGATGCGATTGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGGAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGTCGAGGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTc < 3:209007/149‑1 (MQ=255) ccGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTa < 3:296370/149‑1 (MQ=255) ccGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTa < 2:80493/149‑1 (MQ=255) cAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGc > 2:142055/1‑149 (MQ=255) gCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCcg > 4:302882/1‑149 (MQ=255) gTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAg > 1:32218/1‑130 (MQ=255) gTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAg < 2:32218/130‑1 (MQ=255) tCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTgg > 2:11197/1‑149 (MQ=255) tGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGag > 5:54806/1‑148 (MQ=255) aGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGagcag < 5:155963/148‑1 (MQ=255) ggc‑ggTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGa > 6:316501/1‑149 (MQ=255) gc‑ggTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGGCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCAGGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGAt < 7:222837/149‑1 (MQ=255) | AGGCTTCGATGGCATGGGTCAGGGCATCCATGCCGGTTGCGGCTGCAATCGACGGCGGCAGCGTGTCGGTGATATGGGAGTCGAGCAATGCCAGCACCGGGCCGATGCGATAGTCCAGCACGTTCATTTTGAAGTGGCGGGC‑GGTGTCGGTGATCACCGAGAAGCAGGTCACTTCGCTGCCGGTGCCGGCCGTGGTCGGGATGGCGACGATGGGCGGGATGGCATGGGTAAGCGTGAACGACCCTTCGTAGTCCTCGATACGGCCGTCGTGGGTGAGCAGCAGGCTGAT > NC_002947/3195436‑3195724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |