| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,199,401 | Δ1 bp | 9.6% | coding (114/582 nt) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,199,401 | 0 | T | . | 9.6% | 155.3 / 11.8 | 52 | coding (114/582 nt) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/19); new base . (3/2); total (31/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTCCCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCC > NC_002947/3199255‑3199544 | aTTTCCCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATctgc < 4:145938/149‑1 (MQ=255) ccccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCg > 7:274535/1‑149 (MQ=255) cccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGCACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGc > 6:234605/1‑149 (MQ=255) ccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCg > 4:81146/1‑147 (MQ=255) ccACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATC‑GCTGCGGCAg > 8:45594/1‑149 (MQ=255) cgccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTTCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGAAGC‑GATTCGcc > 8:155866/1‑149 (MQ=255) gccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCg > 3:143585/1‑149 (MQ=255) ccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCgc < 7:45594/149‑2 (MQ=255) gccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGt < 3:83287/149‑1 (MQ=255) gcCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGt > 7:258589/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTg > 3:119205/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTg < 7:285025/149‑1 (MQ=255) ggCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg > 6:177251/1‑132 (MQ=255) ggCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg < 5:177251/132‑1 (MQ=255) aCGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCAcccc < 3:312285/149‑1 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgc < 2:191693/149‑1 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTCTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgc < 7:170462/149‑1 (MQ=255) aTTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATc < 4:119205/149‑1 (MQ=255) ttgCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCt < 6:57416/149‑1 (MQ=255) cGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCa > 3:9994/1‑149 (MQ=255) tGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGt < 8:258589/148‑1 (MQ=255) tGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTg < 5:142186/149‑1 (MQ=255) gTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTgg > 7:77959/1‑149 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCAt > 8:137929/1‑112 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCAt < 7:137929/112‑1 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTc > 1:173453/1‑149 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCCCCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcct > 3:53944/1‑149 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGa < 2:71394/140‑1 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGa > 1:71394/1‑140 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcct > 7:36012/1‑149 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcct > 2:303137/1‑149 (MQ=255) cGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCctgcctgc > 3:39152/1‑149 (MQ=255) aTAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGct > 1:250335/1‑149 (MQ=255) gAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCtt < 3:81146/149‑1 (MQ=255) cTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATcc > 7:36864/1‑149 (MQ=255) tgtgGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGc > 5:34606/1‑148 (MQ=255) tgtgGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGc > 5:29926/1‑148 (MQ=255) gACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGc < 2:173453/149‑1 (MQ=255) gTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTtct < 2:250335/148‑1 (MQ=255) tGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTc > 3:168941/1‑119 (MQ=255) tGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTc < 4:168941/119‑1 (MQ=255) tGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTcc < 1:303137/149‑1 (MQ=255) cAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGGCCTGCCTGCGCTCTTCCGCCCCACTCCGCGCCATTGAGCGTTCTACCt > 8:99210/1‑149 (MQ=255) aaCGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCtt > 3:319152/1‑149 (MQ=255) gATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTc > 6:48401/1‑149 (MQ=255) gATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTc > 5:191180/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTa < 4:143585/149‑1 (MQ=255) aGCGGCGAATCTGGTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTGTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTAtt < 5:234605/149‑1 (MQ=255) ccggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTg > 5:259735/2‑149 (MQ=255) gcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgcc < 2:155931/148‑1 (MQ=255) gcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgcc > 1:155931/1‑148 (MQ=255) gAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgccgcc > 4:1846/1‑149 (MQ=255) gAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCGCGATAAAGTCCTGCCTGCGCACTTCAGCACCAATCCGAGCCATTCAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgccgcc > 2:69907/1‑149 (MQ=255) | ATTTCCCCCACCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCC > NC_002947/3199255‑3199544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |