| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,645:1 | +C | 100% | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 93.0% | 133.5 / 4.7 | 43 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (17/23); total (20/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAC > NC_002947/1126498‑1126788 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCCTTCGC‑GGGT‑AAA‑c > 2:240402/1‑149 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 6:132104/148‑1 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 5:283349/148‑1 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGGCACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 7:4837/148‑1 (MQ=38) aGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGTGGTATAGCCACCATCGCCTTAGC‑GGGG‑AAACCCGCGGCGACACAGAGCCCGcccccc > 6:249836/1‑149 (MQ=38) ggcGAACACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCCGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCAACGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCt < 7:119991/127‑1 (MQ=37) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑TACCCCGAATGCGGGGGTTTAGGCCCCCAAGCATTAGCGGGGT‑AAC‑CCCCTCCGAAACAGGGCCCGccccccc > 7:200578/1‑147 (MQ=255) gTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa < 7:26798/149‑1 (MQ=255) cGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGc < 6:71646/149‑1 (MQ=255) aaGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑TACCCCGACTGCGGAGGTATAGGCACCATCGCAATAGC‑CGGT‑AAACCCGCGCCTACACAGAGCCCCCCCCcccaccca > 4:265569/1‑149 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑cccgc < 6:324749/116‑4 (MQ=255) gCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑cccgc > 5:324749/1‑113 (MQ=255) gtgCACCCCCTCCCCGGTTGTTGGGCGCACATTGCCCCCTGTCGGCGCGGGTTA‑ACCCGCTATGGCGGAGGTATACCCACCAGCCCATTCGC‑GGTA‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTa < 4:157805/149‑1 (MQ=255) gcaCCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGCGCCCTGACGGCGCGGGTTA‑CCCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGTT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATc < 3:309404/147‑1 (MQ=255) gACCTCCTGCCCGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCa < 4:275107/149‑1 (MQ=255) cctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTCGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc < 3:49602/147‑1 (MQ=255) ccAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑TACCCCGAAAGGGGAGGTATAGGCACCAAACCAATAGC‑GGGTAAAA‑CCCCACCGACACAAAGCCCCCCCCCCCACCCAAGGGGCGGGGAGGGCGATAAGGCgggcg > 4:68306/1‑144 (MQ=255) gttgttGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAAACCCCAAATG‑GGAGGTATAGGCACCAAAGCATTAGC‑GGGT‑AAACCCGCGCCGACAAAGAGCCCCCCCCCCCAACCACGGGGCGGGGAGGGCTATAAGGCGTGCTGATAg > 8:8435/1‑149 (MQ=255) gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑TACCGCGAAAGCGGGGGTATAGCCACCCTCGCCTTGGC‑GGGTGAAC‑CCGCGCCGACACAGAGCCCCCCCCCCCAGCCAGGTGGGGGGGAGGGCTATCAGGCGGCCGGaaatcta > 8:303497/1‑140 (MQ=255) gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGctc < 7:303497/146‑1 (MQ=255) aGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAg < 3:68306/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 4:87159/132‑1 (MQ=255) cgcgGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc > 3:87159/1‑132 (MQ=255) gcgGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAgg > 5:310397/1‑149 (MQ=255) ggTTT‑ACCCGCGTATGCGGAGGTAAAGCCACCATCCCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGGCCCTACACAGATCCCGCCACCCAAGCCAGGGGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTg < 7:228076/149‑1 (MQ=255) aCCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 8:120082/1‑149 (MQ=255) gcgAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGcc > 3:261882/1‑148 (MQ=255) gAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa > 4:148399/1‑149 (MQ=255) gAATGCGGAGGTATACCCACCATCCCATGCGC‑GGTT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCCCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa < 5:208819/149‑1 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAacac < 7:120082/149‑1 (MQ=255) accccaccaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAc < 1:117292/145‑1 (MQ=255) caccaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCCCTCCTACACAGAGCCCGCCACCAAAGCAAGGTGCAGGGTAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTATCGATCGACGGGCAGGAGAACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTAGTCGACCCGGc > 8:251574/1‑149 (MQ=255) accaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 6:18862/140‑1 (MQ=255) accaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc > 5:18862/1‑140 (MQ=255) accaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGcc > 7:130550/1‑149 (MQ=255) accaTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGcc > 8:271004/1‑149 (MQ=255) cATTCGC‑GGTA‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggc < 3:137468/149‑1 (MQ=255) aTTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCCCACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg > 5:320277/1‑149 (MQ=255) cgc‑gGGT‑AAACCCGCGCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc < 5:230517/148‑1 (MQ=255) gc‑gGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCggcggc > 8:284282/1‑147 (MQ=255) gc‑gGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 8:130550/149‑1 (MQ=255) gggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAg > 1:83560/1‑148 (MQ=255) gggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGt < 6:310397/149‑1 (MQ=255) ggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTa > 6:141355/1‑149 (MQ=255) gT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGCCGGTCGGccgggtc < 7:271004/149‑6 (MQ=255) gT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAc > 7:123011/1‑149 (MQ=255) | TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTT‑ACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAC > NC_002947/1126498‑1126788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |