New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2915352 = | 27 (0.520) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 8.2% | coding (4372/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
? | NC_002947 | 2915460 = | 41 (0.830) | coding (4480/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
GCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGAACAAC > NC_002947/2915312‑2915606 | cgaggatgaagttcaggtcggagcgcaccatgtgcaggccGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCg > 5:50735‑M1/41‑149 (MQ=255) cGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGcac < 6:297196/147‑1 (MQ=255) tCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTg > 7:252604/1‑148 (MQ=255) tCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTg > 6:203330/1‑148 (MQ=255) tCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTg > 6:164337/1‑148 (MQ=255) aGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGACGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAAc > 7:117284/1‑149 (MQ=255) gATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACtt > 1:202445/1‑149 (MQ=255) cATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCt < 2:202445/149‑1 (MQ=255) cggcaccgccgtcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacagcacttcggtggtgccGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTcg > 5:50735‑M2/110‑149 (MQ=255) ggcaccgccgtcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacagcacttcggtggtgccGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTcgc > 4:124702‑M2/109‑149 (MQ=255) gCACCACCGCATGGGGGTACTCGCCTCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGGGCCCGTGGGGGCGTCAGTGGGCACCCCGGTGGTGGTTGCCATGTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTCCATCCTcgc < 1:253297/149‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCaa < 5:203330/149‑1 (MQ=255) aGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGa < 7:81702/149‑1 (MQ=255) tGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGAtt > 4:36330/1‑149 (MQ=255) cTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGc > 7:43887/1‑149 (MQ=255) tGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGcc > 3:311682/1‑149 (MQ=255) gTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATg < 2:238091/103‑1 (MQ=255) gTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATg > 1:238091/1‑103 (MQ=255) aCTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCCCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAg > 5:275632/1‑149 (MQ=255) tCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGcccggcg > 5:292956/1‑144 (MQ=255) tCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACATGAACTTCAGCAGCGCGCAAAACAACATTGCCGAgga > 8:200132/1‑148 (MQ=255) cggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacagcacttcggtggtgccGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgc < 3:124702‑M2/68‑1 (MQ=255) ccaccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgccgcc > 5:209431/1‑149 (MQ=255) ccaccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATgccgc < 2:185955/148‑1 (MQ=255) caccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGccgccg > 7:125569/1‑149 (MQ=255) caccGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGccgccg > 6:226391/1‑149 (MQ=255) accGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCgg > 4:51495/1‑149 (MQ=255) cAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGCCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACAt > 1:28352/1‑149 (MQ=255) ccGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATcc > 6:115552/1‑148 (MQ=255) ggCGCGCCCGTGGTTCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCtctc < 4:203449/149‑1 (MQ=255) gcgcCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGACGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCt > 7:32192/1‑149 (MQ=255) cgcCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCt > 8:256210/1‑148 (MQ=255) cGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATcc < 5:226391/149‑1 (MQ=255) cGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTc > 5:153025/1‑149 (MQ=255) tGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACTGCTGTGCCGGCCTGCACATGCTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAAACAAGATTGCCGAGGCCGATGCCCCCGGGCAGGACAACCGCTCGCTCATCCCAAACGAACGTGCa > 6:248636/1‑149 (MQ=255) tGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCa < 8:43887/149‑1 (MQ=255) ggCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCa < 3:61561/148‑1 (MQ=255) cGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGc > 3:299392/1‑149 (MQ=255) gtggtgGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCt < 5:164337/149‑1 (MQ=255) tgtggCTGCGA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCGGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgc < 8:32192/148‑1 (MQ=255) ccA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg < 2:12623/149‑1 (MQ=255) ccA‑GGGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg < 8:117284/149‑1 (MQ=255) cA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg > 1:107917/1‑148 (MQ=255) cA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGAACGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTg > 1:265583/1‑148 (MQ=255) gTGACGGCGGTTCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCTCGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCACAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGAt < 5:248636/149‑1 (MQ=255) cggcggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCt < 6:209431/149‑1 (MQ=255) ggcggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTc > 6:162228/1‑149 (MQ=255) ggcggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACCTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCt < 8:121759/131‑1 (MQ=255) ggcggTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACCTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCt > 7:121759/1‑131 (MQ=255) gccGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGGTCGaacaa > 7:277124‑M2/4‑149 (MQ=255) ccGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaacaac < 2:28352‑M2/147‑1 (MQ=255) ccGGCCTGCACATGGGGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGaacaac < 7:200132‑M2/147‑1 (MQ=255) cGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgcgt < 7:273977‑M2/126‑1 (MQ=255) cGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCtgcgt > 8:273977‑M2/2‑127 (MQ=255) | GCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGCCACCCCGGTGGTGGATGCCA‑GTGACGGCGGTGCCGGCCTGCACATGGTGCGCTCCGACCTGAACTTCATCCTCGCGCAAATCAAGATTGCCGAGGCCGATGCCGCCGGGCAGGACATCCTCTCGCTGATCCCCAACGTCCGTGCAGCCATGGGCCTGCGTGCGGTGGATGGCTCGAACAAC > NC_002947/2915312‑2915606 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |