Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,594,129 | A→T | 13.3% | intergenic (‑76/+69) | PP_4921 ← / ← thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,594,129 | 0 | A | T | 13.3% | 87.1 / 2.7 | 41 | intergenic (‑76/+69) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base T (2/4); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTC > NC_002947/5593987‑5594273 | gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGt > 7:280440/1‑149 (MQ=255) cACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGcc < 6:13573/149‑1 (MQ=255) cGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATg > 7:217838/1‑149 (MQ=255) aaaaTGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCa > 5:272754/1‑149 (MQ=255) cgcTGCTGAATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAg < 7:213418/149‑1 (MQ=255) cgcTGCTGAATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAg < 5:115525/149‑1 (MQ=255) gggTTTGGATGGGCGGGAGAGATCTGGCTGGGTGATGGGATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTTTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgc < 4:183428/149‑1 (MQ=38) ggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg > 8:95945/1‑123 (MQ=255) ggATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg < 7:95945/123‑1 (MQ=255) gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCTGGCTTGACCGCGAACACCTCCAAAGCCCGTGCC‑ATGCACCCCAGATCATGCATCCCGGGCAAg > 8:8714/1‑149 (MQ=255) aTGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGc < 4:245309/149‑1 (MQ=255) aCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCCTACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg < 1:63276/149‑1 (MQ=255) aCTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAggg < 4:233958/149‑1 (MQ=255) aTGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCCCCGGGGAAGGTGCTGCg > 2:253939/1‑149 (MQ=255) atggtctttTCCGTAGTTGTGTTGTTAAGTGGCATACACCACCTTGTGGGAGGGGGGTTGCCGGCGAACACCGGCAATGCCGGTGCC‑ATGCACCGCTGTGCTTGCTTGGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 6:272754/149‑1 (MQ=25) atggtcatgTCCGCCGGCGGTATGTTATGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCCCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 2:252295/149‑1 (MQ=25) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACt > 2:95795/1‑149 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACttt > 3:199607/1‑149 (MQ=255) cGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCTGTGCC‑ATGCACGGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTgg < 8:217838/148‑1 (MQ=255) gCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCACTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGGAAGGTGCAGCGGTTTTGACTTTGTGGt > 5:4008/1‑148 (MQ=255) aGTGATGTTTAGTGGCATAGACCACCCTGTGGTAGCGGTCTTGCCCGCTAACACCGGCATAGCCGGTGCC‑ATGCACGGCAGTGGTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgct < 2:30323/149‑1 (MQ=37) aTGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgctggct > 8:305228/1‑149 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGTACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGGGTAGACTTTGGGGTACCGCTGGCTGCCTTCCt > 7:141606/1‑149 (MQ=25) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCCGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCt > 4:193090/1‑149 (MQ=255) ccATACACCACCCTGTGGGCGCGGGCTGGCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGGGCC‑AGGCACCGCAGTGCTGGCTGCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTgg < 1:253939/148‑1 (MQ=37) cATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 4:225583/149‑1 (MQ=255) aTACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCCCCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCg < 7:8714/149‑1 (MQ=255) caccacCCTGTGTGAGCGGGCTTGCCCGCTAACACCGGCAATGCCGGTGCA‑ATGCACCGCTGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa < 8:280440/149‑1 (MQ=37) accaccCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCCGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGAGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCCACACGGTAAGGTGCTGCGGTTTTGAAATTGTGGTACAGCATGCTGCCTTCCTTGCGGAAc > 2:78659/1‑149 (MQ=21) gggAGCGGGCTTGGCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCt > 7:127217/1‑149 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGAAATGCCGGTGCC‑TTGCACGGCTGTGCTTGCTTCGCGGTCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCt < 7:217689/148‑1 (MQ=38) gAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGc > 7:43284/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ACGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCt > 8:275595/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACg > 5:327687/1‑148 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCtt < 1:78659/149‑1 (MQ=255) gcgAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTg < 3:193090/149‑1 (MQ=255) ggcacCGGCTTTGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc > 7:4989/3‑115 (MQ=255) ggcacCGGCTTTGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGc < 8:4989/113‑1 (MQ=255) ggcacCGGCTTTGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTc > 4:108608/3‑149 (MQ=255) ccGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAcc < 1:95795/149‑1 (MQ=255) gCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTc < 4:199607/149‑1 (MQ=255) | GAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCC‑ATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTC > NC_002947/5593987‑5594273 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |